Arseniy's wiki
В начале года я написал довольно много о себе на английском (захотел), сейчас, ради удобства, этот текст перенесён сюда.
Практикумы
Мини-обзор
Почему ФББ?
Я почувствовал интерес к математике и программированию и решил, что мне гораздо интереснее расширять свой (естественно)научный кругозор, чем углубляться в отдельные темы биологии.
Мой биоинфтул
Этим летом я написал маленькую программу на питоне, занимающуюся поиском ОРФов по простецкому правилу:
1) Рамка начинается со старт-кодона ATG и заканчивается одним из стоп-кодонов UAA, UAG или UGA, расстояние между которыми кратно трём.
2) Внутри рамки не может быть стоп-кодона, расстояние до которого от старта также равно трём.
Пока основным применением моего кода может быть поиск ОРФов, размер которых больше заданной наперёд длины, а также получение белковых последовательностей соответствующих гипотетических генов (разумеется, чтобы альфафолду скормить).
Возможно, потом помещу здесь инструкцию по использованию алгоритма.
Выбор бактерии для обзора
Моим выбором стал Rhodococcus fascians. Эта бактерия образует галлы на растениях путём индукции дедифференциации клеток листьев в меристему.
Меня заинтересовало, что среди механизмов, вызывающих у растений подобные "симптомы", родококк имеет не только широко распространённые (например, среди Г-, образующих корончатые галлы), но и уникальные для него единственного.
Работа над этим мини-исследованием даст мне возможность погрузиться в мир физраста, по которому я слегка соскучился.
To be continued...
My mail
<a DOT k DOT rybakov AT SPAMFREE kodomo DOT fbb DOT msu DOT ru>