Здесь размещены ответы на задание №13

Задание 1: а как всё началось?

Escherichia coli

Candidatus Gracilibacteria

Mycoplasma pneumoniae

Первые три кодона - самые частотные, они же в той или иной степени комплементарны (полностью или частично) антикодону т-РНК метионина - всё логично. Доля остальных незначительна, это могут быть, например, псевдогены. К тому же 3 из них отличаются от стандартного ATG всего лишь одной буквой, что тоже может говорить о частичной комплементарности.

Задание 2: таинственные стоп-кодоны

В исследуемом геноме встретилось 4 последовательности с неожиданными стопами. В описании одной из них - пометка "pseudo=true", что означает, что это псевдоген, значит, белкового продукта вообще нет и неважно, где там стоп-кодоны (к тому же это профаг). Остальные три - домены фермента формиатдегидрогеназы. Проверка предположения, что дело в селеноцистеине принесла скорее отрицательные результаты - кодон TGA встречается более одного раза только в первой (профаг) последовательности.

Задание 3: и как всё закончилось?

Escherichia coli

Candidatus Gracilibacteria

Mycoplasma pneumoniae

Edit conflict - other version:

Пропавший в последних бактериях кодон TGA кодирует в них что-то, не являющееся стоп-кодоном (аминокислоту триптофан в случае микоплазмы (Jukes, Osawa, 1993*)) . Локальные различия в соответствии кодон - аминокислота встречаются не так редко.

*ссылка про триптофан и микоплазму: alternative code

Edit conflict - your version:

Пропавший в последних бактериях кодон TGA кодирует в них что-то, не являющееся стоп-кодоном (аминокислоту триптофан в случае микоплазмы) . Локальные различия в соответствии кодон - аминокислота встречаются не так редко.

ссылка про триптофан и микоплазму: alternative code

End of edit conflict

Задание 4: такой разный лейцин

Думаю, перекос может быть связан с ролью ГЦ-состава генома: те бактерии, для которых важно высокое содержание ГЦ пар, будут эволюционировать в сторону преимущественного использования кодонов с большим содержанием этих нуклеотидов. Также возможна регуляция трансляции с помощью использования разных аминокислотных кодонов: регуляция на уровне синтеза в разном количестве разных т-РНК, содержащих антикодоны, комплементарные различным кодонам. Сильный перекос у микоплазмы в сторону кодона, не содержащего ни Г, ни Ц (единственного!), возможно, объясняется тем, что для неё важна простота разделения цепочек ДНК.

Задание 5: GC-перекос

По ссылке доступен график GC-skew для E. coli: GC-skew

В качестве сомнительного бонуса можно на соседнем листе полюбоваться аналогичным графиком для Sphingomonas melonis))

Задание 6: а что было до?