Практикум 3
Задание 1
С помощью пакета 3DNA построил A-, B- и Z-форму дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc" ( для Z-формы GC)
Задание 2
Упр. 1
Рис.1 Сахарофосфатный остов - зеленым цветом
Рис.2 G, T, C - красные, A - синий.
Рис.3 атом N7 во всех гуанинах - краснный и только в первом по последовательности - сиреневый
Упр.2
Упр.3
Рис.4 РНК без разрывов
Рис.5 ДНК без разрывов
Задание 3
Упр.1
Рис.6 Бороздки b-формы и девятый гуанин, выбранный мной
Рис.7 Гуанин. Выделены красным цветом атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим в сторону малой.
В сторону малой бороздки: [G]9:A.N2,[G]9:A.C2, [G]9:A.N1.
В сторону большой: [G]9:A.C8 [G]9:A.N7 [G]9:A.C5 [G]9:A.C6 [G]9:A.O6
Атомы: [G]9:A.N9, [G]9:A.C4, [G]9:A.N1 лежат в плоскости между бороздками.
Для a-формы все наоборот:
В сторону малой: [G]29:B.O6 [G]29:B.C6 [G]29:B.N1
В сторону большой: [G]29:B.C2 [G]29:B.N2 [G]29:B.N3
Остальные нельзя определить.
Z-форма (почти как b):
В сторону малой: [G]15:B.N2 [G]15:B.C2 [G]15:B.N3
в сторону большой: [G]15:B.C6 [G]15:B.O6 [G]15:B.C5 [G]15:B.N7
Упр. 2
|
A-форма |
B-форма |
Z-форма |
Тип спирали |
Правая |
Правая |
Левая |
Шаг спирали (Â) |
28.03 |
33.75 |
43.50 |
Число оснований на виток |
11 |
10 |
12 |
Ширина большой бороздки (Â) |
16.81 |
17.76 |
18.30 |
Ширина малой бороздки (Â) |
7.98 |
11.69 |
8.68 |
Измерения проводились от фосфата гуанина.
Упр.3
Углы |
α |
β |
γ |
δ |
ε |
ξ |
χ |
А-форма (презентация) |
62 |
173 |
52 |
88/3 |
178 |
-50 |
-160 |
А-форма |
64.1 |
174.8 |
41.7 |
79.1 |
157.76 |
-65.12 |
-157.2 |
B-форма (презентация) |
63 |
171 |
54 |
123/131 |
155 |
-90 |
-117 |
B-форма |
85.87 |
136.35 |
31.14 |
143.4 |
146.77 |
-100.5 |
-107.9 |
Задание 4
Упр.1
Значения углов можно посмотреть в файле
Средние значения углов:
|
α |
β |
γ |
δ |
ε |
ξ |
χ |
тРНК |
-66.987804878 |
47.0685185185 |
63.0240740741 |
81.2703703704 |
-129.8902439024 |
-80.6512195122 |
-140.1092592593 |
ДНК |
-40.365625 |
-20.646875 |
30.65 |
137.059375 |
-89.775 |
-93.921875 |
-113.040625 |
Для тРНК самые "деформированные" нуклеотиды по углам α и β: G7 и U21.
Для ДНК самые "деформированные" нуклеотиды по углу α: G6 и A17
Упр.2
Акцепторный стебель: 1-7 нуклеотиды и 72-66 нуклеотиды комплементарные.
Т-стебель: 49-53 нуклеотиды и 65-61 нуклеотиды комплеменые.
Антикодоновый стебель: 39-43 нуклеотиды и 31-27 нуклеотиды комплементарные.
D-стебель: 10-13 нуклеотиды и 25-22 нуклеотиды комплементарные.
Неканонические пары: G44-A26, U16-U59, G18-U55, A73-C74
Дополнительные водородные связи: G53-C61, U16-U59, G19-C56.
Упр.3
Самое сильное стекинг-взаимодействие между парами GC/GC (step 15).
Рис.8 Стекинг-взаимодействия