|
|
|
|
|
|
Практика №1: Банк UniProt.
Поиск информации о SRFAC_BACSU
1. Таблица.
| Название поля | Метка поля | Содержание |
| Код(ы) доступа ("Accession number") | AC | Q08787 |
| Идентификатор записи в БД | ID | SRFAC_BACSU; Reviewed; 1275 AA. |
| Название (краткое описание) белка | DE | RecName: Full=Surfactin synthase subunit 3 |
| Дата создания документа | DT | 01-FEB-1995, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot. |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 11-JAN-2011, entry version 98. |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RN | 6 |
| Журнал и год самой поздней публикации | RL | Structure 10:301-310(2002). |
| Ключевые слова | KW | 3D - структуры, биосинтез антибиотиков, полная последовательность, лигазы, фосфопротеин. |
| Что содержит поле комментариев? | СС | ФУНКЦИЯ: Вероятно активизирует лейцин. КОФАКТОР: Связывает 1 фосфопантеин ковалентно ПУТЬ: Биосинтез антибиотиков, биосинтез сурфактина. СХОДСТВА: Принадлежит к АТФ-зависимым АМФ-связывающим группам ферментов. СХОДСТВА: Содержит 1 область несущую ацил ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ: фосфосерин находящийся в Ser-1003 в PubMed: 17218307 может быть результатом вторичной нейтральной потери пантеина из фосфодиэфирных связей кофактора. Авторские права на UniProt консорциума, см. http://www.uniprot.org/terms Распространяется под Attribution-NoDerivs лицензии Creative Commons |
| Идентификаторы записей PDB | DR | 1JMK, 2VSQ |
2. Ответ на вопрос.
Вопрос: Какой аминокислотный остаток модифицирован в функциональном белке (номер, ген)?
Ответ: Modified residue (модифицированный остаток) 1003 O-(pantetheine 4'-phosphoryl)serine (Potential). Следовательно, модифицирован серин, номер 1003
3. Таблица. Определение одинаковых белков в базах SwissProt и TrEMBL.
| Запрос | Число записей в SwissProt | Число записей в TrEMBL |
| Surfactin | 16 | 144 |
| Surfactin synthetase | 3 | 69 |
| synthase subunit 3 | 9 | 5 |
4. Таблица.
| Название поля | Метка поля | SRFAC_BACSU | SRFAB_BACSU |
| Первый код доступа | AC | Q08787 | Q04747 |
| Идентификатор записи в БД | ID | SRFAC_BACSU; Reviewed; 1275 AA. |
SRFAB_BACSU Reviewed; 3583 AA. |
| Название (краткое описание) белка | DE | RecName: Full=Surfactin synthase subunit 3 |
RecName: Full=Surfactin synthase subunit 2 |
| Дата создания документа | DT | 01-FEB-1995, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot. |
01-FEB-1995, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot. |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 11-JAN-2011, entry version 98. |
08-FEB-2011, entry version 95. |
| Название организма | OS | Bacillus subtilis |
Bacillus subtilis |
| Классификация организма (список таксонов) | OC | Bacteria; Firmicutes; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus. |
Bacteria; Firmicutes; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus. |
| Длина последовательности | FT | 1275. |
3583. |
| Молекулярная масса белка | SQ | 143872 MW | 400944 MW |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RN | 6 |
7 |
| Журнал и год самой поздней публикации | RL | Structure 10:301-310(2002). |
Mol. Cell. Proteomics 6:697-707(2007). |
| Описание вторичной структуры | FT | TURN 1046 1049 STRAND 1050 1054 STRAND 1058 1064 HELIX 1071 1074 HELIX 1075 1080 STRAND 1084 1089 HELIX 1097 1108 STRAND 1114 1119 HELIX 1122 1135 STRAND 1140 1147 HELIX 1162 1169 TURN 1170 1173 HELIX 1177 1179 HELIX 1181 1201 STRAND 1208 1216 HELIX 1231 1233 STRAND 1234 1236 STRAND 1238 1242 HELIX 1247 1249 HELIX 1253 1267 |
Отсутствует. |
| Ключевые слова | KW | 3D - структуры, биосинтез антибиотиков, полная последовательность, лигазы, фосфопротеин. | Биосинтез антибиотиков, полная последовательность, лигаза, многофункциональные ферменты, фосфопротеин |
| Темы, освещённые в комментариях | CC | ФУНКЦИЯ: Вероятно активизирует лейцин. КОФАКТОР: Связывает 1 фосфопантеин ковалентно ПУТЬ: Биосинтез антибиотиков, биосинтез сурфактина. СХОДСТВА: Принадлежит к АТФ-зависимым АМФ-связывающим группам ферментов. СХОДСТВА: Содержит 1 область несущую ацил ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ: фосфосерин находящийся в Ser-1003 в PubMed: 17218307 может быть результатом вторичной нейтральной потери пантеина из фосфодиэфирных связей кофактора. |
ФУНКЦИЯ: Этот белок является многофункциональным ферментом способным активизировать и полимеризировать аминокислоты Leu, Glu, Asp и Val. Активация сайтов для этих аминокислот состоят из отдельных областей.
КОФАКТОР: связывает 3-фосфопантеин ковалентно
ПУТЬ: Биосинтез антибиотиков, биосинтез сурфактина.
СХОДСТВА: Принадлежит к АТФ-зависимым АМФ-связывающим группам ферментов.
СХОДСТВА: содержит 3 области, несущие ацил
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ: фосфосерин наблюдаемый в Ser-999 и Сер-2040 в PubMed: 17218307 может быть результатом вторичной нейтральной потери pantetheine из фосфодиэфирных связей кофактора. |
| Особенности последовательности | FT | CONFLICT 26 26 A -> P (in Ref. 1; CAA49818 and 2;BAA08985). CONFLICT 33 33 S -> T (in Ref. 1; CAA49818 and 2;BAA08985). CONFLICT 1010 1015 ASRIKK -> VPHQQ (in Ref. 1; CAA49818 and 2; BAA08985). |
CONFLICT 33 33 F -> S (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 42 42 G -> A (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 110 110 D -> Q (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 113 113 R -> A (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 115 115 G -> A (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 139 139 V -> A (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 259 259 W -> L (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 309 309 A -> R (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 478 480 TPA -> SRP (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 507 513 LVEHGLQ -> ACRTRPS (in Ref. 6; CAA46678). CONFLICT 595 595 Missing (in Ref. 6; CAA46678). CONFLICT 648 648 R -> A (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 680 682 ETL -> RHV (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 694 698 EQSIT -> DKRIS (in Ref. 6; CAA46678). CONFLICT 788 788 M -> L (in Ref. 6; CAA46678). CONFLICT 939 940 PL -> LV (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 1038 1038 N -> I (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 1133 1133 Q -> H (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 1310 1310 V -> C (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 1333 1333 V -> G (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 1384 1384 P -> R (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 1582 1582 E -> G (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 1677 1677 E -> KRRADG (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 1695 1695 S -> C (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 1750 1750 K -> F (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 1782 1782 T -> S (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 1796 1817 GAIAGRVDLYEPDAFAKRPTIG -> APSPGGLICMSRCICETPDNR (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 1910 1911 PK -> LG (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 2070 2070 R -> C (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 2074 2074 A -> V (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 2134 2141 SRLRDSLN -> WPARLTP (in Ref. 2; CAA49817 and 3; BAA08983). CONFLICT 2134 2135 SR -> WP (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 2441 2441 Q -> E (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 2481 2485 ATDLF -> RQICS (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 2542 2562 TVHQLFEETVQRHKDRPAVTY -> DGCISYSKRLSSATKTARLSHT (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 2604 2611 MSAAVLGV -> KCPPRCSAS (in Ref. 1;BAA02523). CONFLICT 2640 2641 KL -> NV (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 2709 2709 H -> D (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 2719 2719 H -> D (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 2872 2877 GELCVA -> RALRG (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 2895 2896 RF -> L (in Ref. 1; BAA02523). CONFLICT 2954 2956 QDA -> EDR (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 2960 2960 A -> R (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 3236 3237 EQ -> AE (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). CONFLICT 3533 3533 Q -> E (in Ref. 2; CAA49817 and 3;BAA08983). |
| Идентификаторы записей PDB | DR | 1JMK, 2VSQ |
Отсутствует |
Наблюдения: мой белок имеет намного меньший вес и размер (в два раза), и его функции гораздо более узкие, чем функции второго белка. Несмотря на то, что они сильно похожи по назначению, по тому, в каких организмах они находятся: второй белок намного более многофункционален.
|