|
|
|
|
|
|
Практика №7:Blast.
1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка.
| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | |
| 1. Лучшая находка | |||
| Accession | Q08787.2 | 2VSQ_A | NP_388233.2 |
| E-value | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Вес (в битах) | 6860 | 6836 | 6860 |
| Процент идентичности | 100% | 99% | 100% |
| 2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? | 484 | 47 | 20000 (ограничено максимальным выводом Blast) |
| 3. "Худшая из удовлетворительных" находка | |||
| Номер находки в списке описаний | 637 | 62 | Так как больше 20000 находок Blast не выдает, рассмотрен последний из выданных. |
| Accession | Q7Z5M8.1 | 1VLG_A | YP_567720.1 |
| E-value | 0.8 | 0.46 | 6e-15 |
| Вес (в битах) | 87 | 76 | 1381 |
| Процент идентичности | 36% | 37% | 33% |
| Процент сходства | 59% | 52% | 52% |
| Длина выравнивания | 51 | 301 | 1062 |
| Координаты выравнивания | 1098-1145 61-111 |
612-880 95-352 |
10-947 3593-4475 |
| Число гэпов | 3 | 75 | 51 |
• Удалось найти исходный белок в Swiss-Prot и "nr", и его структуру в PDB
• Количество гомологов зависит от величины базы данных, то есть в nr их значительно больше
• 1.swiss-prot – всего находок -643 (ограничено e-value)
• 2.pdb – всего находок – 69 ( ограничено e-value)
• 3.nr – всего находок – 20000(ограничено пределльным размером выдачи)
2. Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам.
| Поиск по Swiss-Prot | |
| Таксон, в котором был найден гомолог | Eucaryota |
| Номер находки в списке описаний | 1 |
| Accession | P27742.2 |
| E-value | 3e-119 |
| Вес (в битах) | 1104 |
| Процент идентичности | 29% |
| Процент сходства | 49% |
| Длина выравнивания | 1095 |
| Координаты выравнивания | 11-1065 946-2026 |
| Число гэпов | 54 |
Очень далекий таксон, e-value очень маленькое, но не смотря на это этот гомолог кажется несколько более ближе, чем то, что получилось в первом задании.
3. Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями
Blast:
Query 11 DMYYLSPMQEGMLFHAILNPGQS-FYLEQITMKVKGSLNIKCLEESMNVIMDRYDVFRTV 69
++Y + +Q+G ++ + N G+S Y+ Q ++ ++N +++ + R
Sbjct 946 NVYLANSLQQGFVYQFLKNMGRSEAYVMQSVLRYDVNINPDLFKKAWKQVQHMLPTLRLR 1005
Query 70 FIHEKVKRPVQVVLKKRQFHIEEIDLTHLTGSEQTAKINEYKEQDKIRGFDLTRDIPMRA 129
F + + +QV+ + + + + L + + K+ E + +D +DL R
Sbjct 1006 F--QWGQDVLQVIDEDQPLNWWFLHLADDSALPEEQKLLELQRRDLAEPYDLAAGSLFRI 1063
Query 130 AIFKKAEESFEWVWSYHHIILDGWCFGIVVQDLFKVYNALREQKPYSLPPVK-PYKDYIK 188
+ + + F ++S HH ILDGW ++ + Y L +SL ++ PY+ +
Sbjct 1064 YLIEHSSTRFSCLFSCHHAILDGWSLPLLFRKTHGTY--LHLLHGHSLRTLEDPYRQSQQ 1121
Query 189 WLEKQDKQASLRYWREYLEGFEGQT---TFAEQRKKQK------DGYEPKELLFSLSEAE 239
+L+ ++ LRYW + E + +R + K D E ++ L +L+ +
Sbjct 1122 YLQDH-REDHLRYWAGIVNQIEERCDMNALLNERSRYKIQLADYDKVEDQQQL-TLTVPD 1179
Query 240 TKAFTEL---AKSQHTTLSTALQAVWSVLISRYQQSGDLAFGTVVSGRPAEIKGVEHMVG 296
++L +Q TL + LQ VW ++ Y GT +SGR + G+E VG
Sbjct 1180 ASWLSKLRQTCSAQGITLHSILQFVWHAVLHAYGGGTHTVTGTTISGRNLPVSGIERSVG 1239
Query 297 LFINVVPRRVK--LSEGITFNGLLKRLQEQSLQSEPHQYVPLYDIQSQADQPKLIDHIIV 354
L+IN +P + + T ++ +Q V L +Q + L D + V
Sbjct 1240 LYINTLPLVINQLAYKNKTVLEAIRDVQAIVNGMNSRGNVELGRLQKNELKHGLFDSLFV 1299
Query 355 FENYPLQDAKNEESSENGFDMVDVHVFEKSNYDLNLMASPGD---EMLIKLAYNENVFDE 411
ENYP+ D E ++ EK +Y L ++A D + Y +FDE
Sbjct 1300 LENYPILDKSEEMRQKSELKYTIEGNIEKLDYPLAVIAREVDLTGGFTFTICYARELFDE 1359
Query 412 AFILRLKSQLLTAIQQLIQNPDQPVSTINLVDDREREFLLTGLNPPAQAHETKPLTYWFK 471
I L + + Q+ ++ D PV ++ + + L A+ +T + K
Sbjct 1360 IVISELLQMVRDTLLQVAKHLDDPVRSLEYLSSAQMAQLDAWNATDAEFPDTTLHAMFEK 1419
Query 472 EAVNANPDAPALTYSGQTLSYRELDEEANRIARRLQKHGAGK-GSVVALYTKRSLELVIG 530
EA PD A+ Y ++L+YR+L+E ANR+A +L+ + K S++AL +S ++
Sbjct 1420 EAAQ-KPDKVAVVYEQRSLTYRQLNERANRMAHQLKSDISPKPNSIIALVVDKSEHMIAT 1478
Query 531 ILGVLKAGAAYLPVDPKLPEDRISYMLADSAAACLLTHQEMKEQAAELPYTGTTLF---I 587
IL V K G AY+P+DP+ P+DRI Y+L D++A +++ + EL L+ I
Sbjct 1479 ILAVWKTGGAYVPIDPEYPDDRIRYILEDTSAIAVISDACYLSRIQELAGESVRLYRSDI 1538
Query 588 DDQTRFEEQASDPATAIDPNDPAYIMYTSGTTGKPKGNITTH---ANIQGLVKHVDYMAF 644
QT S+PA + D AYI+YTSGTTGKPKG + H N+Q + +
Sbjct 1539 STQTDGNWSVSNPAPSSTSTDLAYIIYTSGTTGKPKGVMVEHHGVVNLQISLSKTFGLRD 1598
Query 645 SDQDTFLSVSNYAFDAFTFDFYASMLNAARLIIADEHTLLDTERLTDLILQENVNVMFAT 704
+D + LS SNY FD F ++LN L++ ++ D ERL I V + T
Sbjct 1599 TDDEVILSFSNYVFDHFVEQMTDAILNGQTLVMLNDAMRSDKERLYQYIETNRVTYLSGT 1658
Query 705 TALFNLLTDAG-EDWMKGLRCILFGGERASVPHVRKALRIMGPGKLINCYGPTEGTVFAT 763
++ ++ + +D ++ + C+ GE S P V +R G +IN YGPTE ++ T
Sbjct 1659 PSVISMYEFSRFKDHLRRVDCV---GEAFSQP-VFDQIRDTFQGLIINGYGPTEISI-TT 1713
Query 764 AHVVHDLPDSISSLPIGKPISNASVYILNEQSQLQPFGAVGELCISGMGVSKGYVNRADL 823
++ P+ + IG+ I N++ Y+LN + P GAVGEL + G GV++GY NR ++
Sbjct 1714 HKRLYPFPERRTDKSIGQQIGNSTSYVLNADMKRVPIGAVGELYLGGEGVARGYHNRPEV 1773
Query 824 TKEKFIENPFKP--------GETLYRTGDLARWLP--DGTIEYAGRIDDQVKIRGHRIEL 873
T E+F+ NPF+ LYRTGDL RW+P +G IEY GR D QVKIRG RIEL
Sbjct 1774 TAERFLRNPFQTDSERQNGRNSRLYRTGDLVRWIPGSNGEIEYLGRNDFQVKIRGLRIEL 1833
Query 874 EEIEKQLQEYPGVKDAVVVADRHESGDAS-INAYLVNRTQLSAEDVKAHLKKQLPAYMVP 932
EIE + +P +K +VV+A + GD + Y V + LS ++ ++ +LP YM+P
Sbjct 1834 GEIEAVMSSHPDIKQSVVIAKSGKEGDQKFLVGYFVASSPLSPGAIRRFMQSRLPGYMIP 1893
Query 933 QTFTFLDELPLTTNGKVNKRLLPKPDQDQLAEEWIGPRNEMEETIAQIWSEVL--GRKQI 990
+F + LP+T +GK++ + LP ++ A + PRNE+E + IW+ +L + I
Sbjct 1894 SSFIPISSLPVTPSGKLDTKALPTAEEKG-AMNVLAPRNEIESILCGIWAGLLDISAQTI 1952
Query 991 GIHDDFFALGGHSLKAMTAASRIKKELGIDLPVKLLFEAPTIAGISAYLKNGGSDGLQDV 1050
G DFF LGG SLK+ + +I + G + V LF TI ++ + N D +Q++
Sbjct 1953 GSDSDFFTLGGDSLKSTKLSFKIHEVFGRTISVSALFRHRTIESLAHLIMNNVGD-IQEI 2011
Query 1051 TIMNQDQEQIIFAFP 1065
T ++ D + I P
Sbjct 2012 TPVDYDNRRKIAVSP 2026
Needle посмотреть файлLength: 3813
# Identity: 365/3813 ( 9.6%)
# Similarity: 612/3813 (16.1%)
# Gaps: 2581/3813 (67.7%)
# Score: 1081.0
Water посмотреть файл
# Length: 1094
# Identity: 320/1094 (29.3%)
# Similarity: 534/1094 (48.8%)
# Gaps: 52/1094 ( 4.8%)
# Score: 1142.0
Абсолютно совпадает с тем, что выдал Blast. Значения в таблицах выше отличны друг от друга, этом может быть связано с тем что Blast накладывает штраф "за удлиннение пробела", и на первый гэп. Сами же выравнивания одинаковы.
|