ГАВРИШ ОЛЬГА

ФББ - 1 курс - группа 102
Детали
Практики

Практика №11: Программа MEME.

1. Программа MEME нашла три мотива:


Ссылка на файл
1. Первый мотив нашелся во всех последовательностях.
Координаты моей последовательности:606-631
P-value для моей последовательности: 1.61e-28
Длина выравнивания: 26
E-value: 1.1e-057


2. Второй мотив нашелся в 7 из 10 последовательностях
Координаты моей последовательности: 805 -822
P-value для моей последовательности: 2.76e-17
Длина выравнивания: 18
E-value: 7.8e-008


3. Третий мотив нашелся во всех последовательностях
Координаты моей последовательности: 941-955
P-value для моей последовательности: 2.17e-11
Длина выравнивания: 15
E-value: 3.3e-003


2. Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle



Ссылка на картику
Первый мотивы, найденный MEME, полностью выровнены программой muscle. Во втором и третьем мотивах есть неточности - например, во втором мотиве почти все белки "разъехались" из-за гэпов, кроме первого. В третьем тоже есть "вставки" из гэпов.

3.


Ссылка на Must
Результат очень огорчает. Мотивы нашлись в следующих количествах:
первый: 2/13
второй: 1/13
третий: 3/13
Возможно, Mast вывел только первые несколько позиций, но почему - не понятно.
Все мотивы не нашлись ни в одной из последовательностей.



© by OlGavrish, 2010