|
|
|
|
|
|
Практика №11: Программа MEME.
1. Программа MEME нашла три мотива:
Ссылка на файл
1. Первый мотив нашелся во всех последовательностях.
Координаты моей последовательности:606-631
P-value для моей последовательности: 1.61e-28
Длина выравнивания: 26
E-value: 1.1e-057
2. Второй мотив нашелся в 7 из 10 последовательностях
Координаты моей последовательности: 805 -822
P-value для моей последовательности: 2.76e-17
Длина выравнивания: 18
E-value: 7.8e-008
3. Третий мотив нашелся во всех последовательностях
Координаты моей последовательности: 941-955
P-value для моей последовательности: 2.17e-11
Длина выравнивания: 15
E-value: 3.3e-003
2. Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle
Ссылка на картику
Первый мотивы, найденный MEME, полностью выровнены программой muscle. Во втором и третьем мотивах есть неточности - например, во втором мотиве почти все белки "разъехались" из-за гэпов, кроме первого. В третьем тоже есть "вставки" из гэпов.
3.
Ссылка на Must
Результат очень огорчает. Мотивы нашлись в следующих количествах:
первый: 2/13
второй: 1/13
третий: 3/13
Возможно, Mast вывел только первые несколько позиций, но почему - не понятно.
Все мотивы не нашлись ни в одной из последовательностей.
|