|
|
|
|
|
|
Практика №8: Занятие 8. Множественное выравнивание последовательностей.
Muscle и GeneDoc
1. Muscle и GeneDoc.
Ссылка на картику с выравниванием
Ссылка на выравнивание
Цифры и звездочки выше блока сравнения показывают номер столбца (десятки). На темно-синем фоне показаны столбцы, со 100% консервативными и функционально консервативными аминокислотными остатками. На желтом - от 80%, а на голубом - от 60%. Буквы снизу показывают, какая аминокислота представлена в данном столбце, маленькие буквы означают, какая аминокислота представлена в данном столбце, однако есть отхождения от нее. Цифры показывают номер группы сходных аминокислот, образующих функционально консервативные таблицы.
2. Таблица.
| Позиции в выравнивании | Позиции в белке |
| Участки с достаточно большой консервативностью | |
| 1750-1769 | 612-631 |
| 1569-1617 | 517-565 |
| Участки с достаточно низкой консервативностью | |
| 1-1190 | 1-150 |
| 1222-1285 | 182-250 |
| 1490-1538 | 442-490 |
Анализируемые белки: FAT1_COCHE, ORA_PLAFN, LCFH_HAEIN, ACSL6_MOUSE, AACS_DANRE, BCLA_THAAR, FAA22_MYCMM, Y5435_MYCS2, Q08787, SRFAA_BACSU.
Из всего выравнивания своей длиной выделяются SRFAA_BACSU и FAT1_COCHE, но не смотря ни на что Blast все равно считает их гомологами. Консервативные участи можно выделить, только начиная с 15000, и начиная с 2300 выравнивание тряет свой биологический смысл.
Функционально-консервативные группы: Чаще всего встречаются остатки S, G, T. При добавлении новой функциональной группы ничего не изменилось.
|