|
|
|
|
|
|
Практика №10: Семейства белков. Pfam, Interpro
Muscle и GeneDoc
1. Доменная структура белка SRFAC_BACSU по данным Pfam.
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов | Положение в посл-ти | Клан |
| 1. | PF00668 | Condensation | Этот домен находится во многих ферментах доменов, которые синтезируют пептидные антибиотики. Этот домен катализирует реакцию конденсации в форме пептидной связи в не-рибосомный синтез пептида. | 9-309 | Это семейство входит в состав клана КоА-acyltrans (CL0149), который имеет в общей сложности 7 семейств. |
| 2. | PF00501 | AMP-binding | AMP-binding enzyme. No Pfam abstract. | 491-891 | Это семейство входи в состав клана ANL (CL0378), который имеет в общей сложности 3 семейства. |
| 3. | PF00550 | PP-binding | 4'-phosphopantetheine группа, присоединенная через серин. Действует для вложения активированных жирных кислот и амино-кислотных групп. | 975-1039 | Это семейство входит в состав клана PP-binding (CL0314), который имеет в общей сложности 2 семейства. |
| 4. | PF00975 | Thioesterase | Пептидосинтетазы участвуют в не-рибосомных синтезах пептидных антибиотиков. Рядом с кодировкой оперонов этих ферментов, почти во всех случаях, гены, которые кодируют белки, имеют сходство с жирной кислотой II thioesterases позвоночных. | 1059-1271 | Это семейство входит в состав клана AB_hydrolase (CL0028), который имеет в общей сложности 66 членов. Свойства 22 неизвестны. |
2.
1. Вопрос: Во сколько разных архитектур входит домен?
Ответ: 773 архитектуры.
2. Вопрос: Для какого числа белков, содержащих домен, известна последовательность?
Ответ: 9928
3. Вопрос: Для какого числа разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура?
Ответ: Для четырех
4. Выравнивания: Вот тут.
3. Представленность домена PF00668 и PF00975 в организмах разных видов
| Таксон | Количество белков в PF00668 | Количество белков в PF00975 | |
Эукариоты |
Зеленые растения | 6 | 7 |
| Грибы | 87 | 78 | |
| Животные | 5 | 41 | |
| Остальные эукариоты | 9 | 3 | |
| Археи | 6 | 1 | |
| Бактерии | 1000 | 966 | |
| Вирусы | - | - | |
Распространенность доменов довольно однородна - почти везде примерно равное количество (за исключением животных, где разница - на порядок).
4. Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis
| № | PFAM ID | Bacillus subtilis |
| 1. | PF00668 | D4G517; D4G516; D4G0T9; D4FXE0 |
| 2. | PF00975 | D4G517_BACNA; D4G0T9_BACNA; D4G518_BACNA |
5.
1. Первый домен
Q93N88_STRLA -
Q52531_PSESP -
2. Второй домен
4CL1_ARATH -
MENE_HAEIN -
3. Третий домен
ACP1_ARATH -
Q93GZ7_STRAW -
4. Четвертый
Q9RBX4_PSEIN -
B0UE58_METS4 -
|