|
|
|
|
|
|
Практика №9: Паттерны
Muscle и GeneDoc
1. Создание паттернов аминокислотных последовательностей.
Выбранный для выполнения участок обведен.
2. Создание паттернов
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | IMYTSGTTGKPKGNITTHAN | Только в моем белке | не все (нашелся только мой белок) |
| Сильный | [ILVWAM]-[IVCLTMQ]-[YFL]-[TS]- S-G-[TS]-T-G-[LKENAPST]-P-K- [GCA]-[VMTAN]-[FMVIQ]- [LHITV]-[SDTIR]- [TNYHA]-[GRASC]-[RNGD] | в 102-х | все |
| Слабый | x(2)-[YWIVFL]- [TS]-S-G-[TS]-T-G-x-P-K-[GCMA]-x- [FMCWLYVIQ]-[LHISTV]- [SDEQTNIVLR]-x(2)-[RNGDEQ] | в 369 | все |
3. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS50075 | ACP_DOMAIN | Acyl carrier protein phosphopantetheine domain profile | Профиль | [DEQGSTALMKRH] -[LIVMFYSTAC]- [GNQ]-[LIVMFYAG]- [DNEKHS]-S-[LIVMST]- {PCFY}-[STAGCPQLIVMF]- [LIVMATN]-[DENQGTAKRHLM] -[LIVMWSTA]-[LIVGSTACR] -{LPIY}-{VY}-[LIVMFA] |
специфична | 1 |
| PS00455 | AMP_BINDING | Putative AMP-binding domain signature | паттерн | [LIVMFY]-{E}-{VES}- [STG]-[STAG] -G-[ST]-[STEI] -[SG]-x-[PASLIVM] -[KR] |
специфична | 1 |
| PS00012 | PHOSPHO PANTETHEINE |
Phosphopantetheine attachment site | паттерн | [DEQGSTALMKRH]- [LIVMFYSTAC]- [GNQ]-[LIVMFYAG] -[DNEKHS]-S- [LIVMST]-{PCFY}- [STAGCPQLIVMF] -[LIVMATN]- [DENQGTAKRHLM] -[LIVMWSTA]- [LIVGSTACR]-{LPIY} -{VY}-[LIVMFA] |
специфична | 1 |
| PS00005 | PKC_ PHOSPHO_SITE |
Protein kinase C phosphorylation site | паттерн | [ST]-x-[RK] | неспецифична | 12 |
| PS00006 | MYRISTYL | N-myristoylation site | паттерн | G-{EDRKHPFYW}- x(2)-[STAGCN]-{P} [GistheN-myristoylationsite] |
неспецифична | 15 |
Всего найдено 30 участков: 3 из них имеют специфичную подпись, остальные - неспецифичную , причем эти 27 участков относятся к 2 мотивам
|