|
|
|
|
|
|
Практика №12: PSI-BLAST.
Muscle и GeneDoc
1. Таблица.
| ID белка | AC белка | Число итераций | Для первой итерации | Для последней итерации | ||||
| Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | |||
| MINC_ECOLI | P18196 | 3(Было убрано несколько последовательностей после 2-ой итерации) | 162 | 0.005 | 0.006 | 188 | 8e-07 | 0.006 |
| SSRP_ECOLI | P0A832 | 1 | 514 | 3e-10 | 5.6 | 514 | 5e-31 | 0.36 |
| RP5M_RHIME | P17265 | 3 | 14 | 0.001 | 0.005 | 25 | 9e-15 | 0.14 |
| SRFAC_BACSU | Q08787 | 5(не сошлось, хотя убиралось достаточно много последовательностей) | 611 | 0.005 | 0.005 | 728 | 0.004 | 0.005 |
2. Таблица.
| ID белка | AC белка | Число итераций | Для первой итерации | Для последней итерации | ||
| Число находок выше порога (0,001) | Худшее E-value выше порога | Число находок выше порога (0,001) | Худшее E-value выше порога | |||
| MINC_ECOLI | P18196 | 2 | 153 | 7e-04 | 188 | 9e-10 |
| SRFAC_BACSU | Q08787 | 6 | 584 | 9e-04 | 683 | 9e-09 |
|