Задание 1
Выданный мне ген имеет идентификатор YPCD1.60 (ссылка на страничку в ncbi)
Он принадлежит организму Yersinia pestis CO92, или чумной палочке. Чумная палочка — вид грамотрицательных бактерий из семейства энтеробактерий.
Инфекционный агент бубонной чумы, также может вызывать чумную пневмонию и септическую чуму. Все три формы ответственны за высокий уровень смертности в эпидемиях, имевших место в истории человечества.
Рисунок 1 Yersinia pestis, окрашенные флюоресцентным красителем, ×2000
Сам ген кодирует белок бактериальной секреторной системы третьего типа Type III secretion cytoplasmic protein YscK
В базе данных SEED я нашла данный ген (выбрала организм Yersinia pestis CO92, и запустила бласт по последовательности белка, полученной с сайта ncbi).
На страничке SEED Viewer я получила изображение с окружением данного гена. Для него обнаружилось 7 ортологов. При изменении параметров количество ортологов осталось прежним.
Использованные параметры:
Рисунок 2 Геномное окружене данного мне гена и его ортологов.
Результаты поиска генов, встречающихся во многих организмах, представлены в таблице 1. Сам ген обозначен на картинке цифрой 1 и выделен красным цветом.
Таблица 1 Результаты поиска генов
Бактерии, представленные на картинке, являются патогенными гамма-протеобактериями.
Гены, встречающиеся во многих/всех организмах принадлежат к одному и тому же метаболическому пути.
Задание 2
Я нашла Yersiniapestis CO2 в базе DOOR. Всего обнаружилось 2626 оперонов. Нужный мне оперон имеет номер 44062
Рисунок 3 Гены, входящие в нужный нам оперон
Задание 3
Обнаружилось, что ген кодирует белок бактериальной секреторной системы третьего типа. Cсылка на страничку в KEGG
Рисунок 4 Схема метаболического пути
Желтым цветом отмечены белки из консервативного геномного окружения, входящие в тот же оперон, зеленым - белок из консервативного геномного окружения, принадлежащий другому оперону
Таблица 2 Итоговая таблица