Задание 1
При выполнении поиска в Pfam я использовала аминокислотную последовательность белка adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase из организма Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809.
Для определения того, какие домены Pfam встречаются в аминокислотной последовательности я прибегнула к помощи поиска по последовательности на сайте Pfam.
Он выдал одно семейство Aminotran_3. Seed выравнивание семейства сохранено в формате fasta
Рисунок 1. Графическое представление результатов поиска
Задание 2
Полученное выравнивание было загружено в JalView. Далее была сохранена консенсусная последовательность в формате fasta.
В выравнивании был выбран блок (рис2), для которого при помощи с помощью сервиса http://weblogo.berkeley.edu сохранено logo (рис3)
Рисунок 2. Блок
Рисунок 3. Logo
Задание 4
Для того же блока были составлены сильный и слабый паттерн, при составлении которого использовалось полученная в задании 2 Logo.
Сильный паттерн был составлен следующим образом: G-[LA]-[ML]-[IG]-[AG]-[IV]. По данному паттерну в SwissProt с помощью сервиса http://prosite.expasy.org/scanprosite/ (Option 2 - Submit MOTIFS to scan them against a PROTEIN sequence database) было найдено 950 хитов в 934 последовательностях.
Слабый паттерн: G-[LATF]-[MLFI]-[IGLC]-[AGSV]-[IVAF]. По нему было надено 10 502 хита в 10 000 последовательностей. Как и следовало ожидать, по сильному паттерну находок гораздо меньше, чем по слабому.
Ссылка на проект JalView