Задание 1
Я последовательно провела 6 итерраций PSI-BLAST, постепенно меняя порог E-value для отсечения менее гомологичных последовательностей.
Поиск осуществлялся в базе данных RefSeq proteins в пределах семейства Deferribacteraceae. После 6 итеррации число новых находок снизилось до 4, так что поиск был остановлен.
Первая итерация (всего 26 находок) : Лучшая находка adenosylmethionine - 8-amino-7-oxononanoate transaminase BioA (Score 610, Ident 63%, e-value 0.0)
Худшая находка - hypothetical protein (Score 50.1, Ident 21%, e-value 5e-07)
Вторая итерация (6 новых находок) : Лучшая находка adenosylmethionine - 8-amino-7-oxononanoate transaminase BioA (Score 547, Ident 65%, e-value 0.0)
Худшая находка - 8-amino-7-oxononanoate synthase (Score 37.4, Ident 17%, e-value 0.005)
Третья итерация (22 новые находки) : Лучшая находка adenosylmethionine - 8-amino-7-oxononanoate transaminase BioA (Score 536, Ident 63%, e-value 0.0)
Худшая находка - hypothetical protein (Score 40.5, Ident 18%, e-value 0.005)
Четвертая итерация (85 находок всего) : Лучшая находка adenosylmethionine - 8-amino-7-oxononanoate transaminase BioA (Score 479, Ident 65%, e-value 8e-167)
Худшая находка - hypothetical protein (Score 36.5, Ident 15%, e-value 0.002)
Пятая итерация (5 новых находок, изменен порог e-value) : Лучшая находка adenosylmethionine - 8-amino-7-oxononanoate transaminase BioA (Score 480, Ident 65%, e-value 5e-167)
Худшая находка - spore coat protein (Score 39, Ident 15%, e-value 0.002)
Первая итерация (всего 4 новые находки) : Лучшая находка adenosylmethionine - 8-amino-7-oxononanoate transaminase BioA (Score 477, Ident 65%, e-value 7e-166)
Худшая находка - hypothetical protein (Score 38.2, Ident 14%, e-value 0.003)
Задание 3
Отобранные последовательности я выровняла на сервере kodomo при помощи программы muscle.
Рисунок 1. Фрагмент множественного выравнивания отобранных последовательностей при помощи muscle.
Задание 4
Из отобранных последовательностей я для дальнейшего продолжения работы оставила 20 и выровняла при помощи muscle.
В редакторе JalView были отобраны 10 последовательностей (исп remove redundancy)
Рисунок 2.Фрагмент множественного выравнивания типичных представителей семейства при помощи muscle.
Задание 5
То же, только выравнивание при использовании mafft
Рисунок 3. Фрагмент множественног выравнивания типичных представителей семейства при помощи mafft
Задание 6
Сравним два выравнивания не прибегая к помощи специальных программ.
Рисунок 4.Фрагмент сравнения двух выравниваний.Символом "N" отмечены участки совпадения.
По Рис. 4. видно, что протяжённые участки сравниваемых выравниваний идентичны, лишь некоторые гэпы стоят в разных местах. Следовательно, данное выравнивание "правильное", как этого и следовало ожидать.
Cсылка на проект в формате .jvp