Коэффициент заполнения ≠ 1
Коэффициент заполения отражает долю молекул в данной конформации. Для большинства атомов этот коэффициент равен 1, что означает, что во всех молекулах данный атом находится в данной точке. Найдем pdb файл, в котором есть атомы с коэффициентом не равным 1.
Для этого в БД PDBe был произведен расширенный поиск с параметрами "Experimental method: x-ray diffraction" и "Resolution ≤ 1".
В результате была выбрана структура 3akq (Crystal structure of xylanase from Trichoderma longibrachiatum). Найденные строчки:
Рисунок 1. Описание атома O а.о. SER36
Первые три числа соответственно x, y, z координаты, а четвертое — коэффициент occupancy.
В 50% молекул атом находится в точке с координатами из верхней строчки, в 50% — из нижней.
Missing residues
Далее найдем пример нерасшифрованных аминокислотных остатков. Для этого надо искать структуры с плохим разрешением, т.е. поиск проводился с параметром Resolution: greater than equal to 3.
В результате была выбрана структура 4zjd (Small heat shock protein AgsA from Salmonella typhimurium)
Файл с указанием нерасшифрованных аминокислотных остатков
Видно, что остатки расположены симметрично в разных цепях
Задание 3
C PDB структурой белка связаны три последовательности: последовательность природного белка из Uniprot; последовательность белка, который кристаллизовали (может отличаться наличием тэгов, быть частью природного белка); та часть последовательности, которую удалось кристаллизовать.
Приведем пример, в котором (1) и (2) не совпадают. Для этого в БД RCSB PDB был проведен расширенный поиск с параметрами "EXPERIMENTAL METHOD: X-ray" и "SEQUENCE FEATURES: Wild Type protein".
Была выбрана структура 5z1r.
Рисунок 2. Найденные строчки
В SEQADV указываются отличия последовательности, описанной в поле SEQRES PDB-файла, от последовательности, описанной в DBREF
Отличия между последовательностями - присутствие экспрессионного тэга в поле SEQADV.
Худший и лучший B-фактор
B-фактор отражает движение атома и пропорционален величине "размазываниея" его электронной плотности.
Значения ниже 10Å говорят о малой подвижности атома, выше 50Å — о высокой подвижности. Я продолжила рассматривать структуру 5z1r.
Найденные строчки с лучшим и худшим В-фактором (последнеее число в строке)
Рисунок 3. Худший и лучший B-фактор