Учебный сайт Алены Корягиной

A- и В- формы ДНК. Структура РНК

С помощью пакета 3DNA , пакета программ для анализа и простейшего моделирования структур нуклеиновых кислот (НК), были построены модели A-, B- и Z-форм ДНК . Для этого были введены следующие команды:

cd term3/block1/pr2
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/X3DNA/bin
export X3DNA=/home/preps/golovin/progs/X3DNA
fiber -a gatc-a.pdb
fiber -b gatc-b.pdb
fiber -z gatc-z.pdb

Для A- и В- формы дуплекса ДНК последовательность одной из нитей представляет собой 5 раз повторенную последовательность "GATC", а последовательность одной из нитей дуплекса ДНК Z-формы была задана программой по умолчанию (10ти кратное повторение последовательности "GC"). Структура А-формы дуплекса ДНК была сохранена в файл gatc-a.pdb, структура В-формы была сохранена в файл gatc-b.pdb, а Z-формы в gatc-z.pdb. Далее были выполнены следующие работы с полученными структурами:

• Работа со структурами нуклеиновых кислот с помощью средств программы Jmol;
• Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств Jmol;
• Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.