Занятие 11

Профили

Из семейства Pfam прошлого практикума был выбрано подсемейство семейства PF04821 из белков таксона A (Arthropoda) с доменной архитектурой 2 (TIMELESS + TIMELESS_C).

Все выровненные последовательности 2_A_PF04821 были помещены в файл. Программами hmm2build и hmm2calibrate был составлен и откалиброван профиль.

С помощью таблицы были получены идентификаторы всех белков, имеющих домен TIMELESS.

Программой hmm2search был произведен поиск откалиброванным профилем по всем белкам Uniprot, включающим хотя бы один домен семейства. Записи были переданы в файл.

На отдельном листе ("hmm") в таблице был составлен "Gold standard" из белков, включающих домен из подсемейства.

Там же были подсчитаны TP, TN, FP, NP, R и PPV.

Таблица 1. Поиск порога E-value.

e-value	TP	TN	FP	FN	R	PPV
2.2e-75	23	103	61	0	1	0,273
3.9e-119	22	159	5	1	0,957	0,815
4e-179	21	163	1	2	0,913	0,955
7e-196	17	163	1	6	0,739	0,944
9.3e-204	11	164	0	12	0,478	1

Из таблицы видно, что, возможно, наилучшим порогом E-value будет 4e-179, с чувствительностью, равной 0,913, и избирательностью, равной 0,955.