Сборка de novo

Работа шла с файлом очищенных прочтений хромосомы 7. Выделение k-меров для k=31 осуществлялось программой velvet, как на рисунке 1.

Рис. 1. Команда velveth

Затем была проведена сборка контигов, на рисунке 2. В файле протокол работы программы из stdout (по нему N50=315, максимальная длина контига 1333), а вот файл с контигами

Рис. 2. Команда velvetg

На рисунке 3 отображено, как из полной последовательности хромосомы 7 была создана база данных.

Рис. 3. Команда makeblastb

Затем по этой базе данных был осуществлен поиск всех контигов (рисунок 4). Выдача, а вот в формате Excel, с уникальными контигами на отдельном листе. Видно, что есть как перекрывающиеся, так и сильно отдаленные контиги, притом участок перекрывания обычно небольшой, а вот разделяющие участки очень длинные.

Рис. 4. Команда blastn

Контиги были найдены 484 раза.