Шестой семестр
Молекулярное моделирование биополимеров
I. Знакомство с Pymol.
II. Работа Pymol.
III.Cеми-эмпирические вычисления: Mopac.
IV. Abinitio вычисления для нафталина и азулена. Pfam.
V. Вычисление валентных параметров для молекулярной механики.
VI.Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики.
VII. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS.
VIII. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS.
IX. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS.
X.Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом.
XI.Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка.
XII.Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка.
XIII.Расчёт энергии сольватаци димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP.
Главная
© Чернецова Даша