Практикум №3
Структура
Структура 3LUY (рис. 1) соответствует вероятной хоризматмутазе из бактерии Bifidobacterium adolescentis (раздел SOURCE в файле PDB).
ㅤㅤㅤРисунок 1.Структура белка 3LUY (хоризматмутаза из B. adolescentis
В структуре присутствует 1 полимерная цепь A в асимметричной единице кристалла (строка CHAIN: A в разделе COMPND). Все цепи в элементарной ячейке кристалла идентичны по последовательности, но для образования биологической единицы требуется сборка.
Биологическая единица (биологически значимая форма), согласно разделу REMARK 350, состоит из 2 копий цепи A, то есть белок функционирует как димер.
Отдельные цепи (Цепь A)
- Организм: Данная макромолекула относится к бактерии Bifidobacterium adolescentis (полная таксономия) (штамм ATCC 15703).
- UniProt ID: A1A2B5 (строка DBREF 3LUY A 2 326 UNP A1A2B5 A1A2B5_BIFAA 2 326).
- Название цепи: Вероятная хоризматмутаза (Probable chorismate mutase).
- Функции:
- Молекулярная функция: Катализирует реакцию Claisen-перегруппировки хоризмата в префенат. Это первый ключевой этап в биосинтезе ароматических аминокислот (фенилаланина и тирозина) через шикиматный путь.
- Биологический процесс: Биосинтез ароматических аминокислот.
- Мутации и модификации: В структуре нет аминокислотных замен (мутаций) относительно референсной последовательности из UniProt. Однако, для целей фазирования структуры в белок были введены модифицированные остатки. В последовательности присутствует 6 модифицированных остатков селенометионина (MSE). Аминокислота метионин была заменена на селенометионин в позициях 1, 38, 40, 233, 297 и 325.
В PDB-файле данной информации соответствует следующий раздел:
MODRES 3LUY MSE Aㅤ 38 ㅤMET ㅤSELENOMETHIONINE
MODRES 3LUY MSE Aㅤ 40 ㅤMET ㅤSELENOMETHIONINE
MODRES 3LUY MSE Aㅤ233 ㅤMET ㅤSELENOMETHIONINE
MODRES 3LUY MSE Aㅤ297 ㅤMET ㅤSELENOMETHIONINE
MODRES 3LUY MSE Aㅤ325 ㅤMET ㅤSELENOMETHIONINE
Файл с модифицированными аминокислотными остатками:
Скачать
Малые молекулы
- 3-PHENYLPYRUVIC ACID (3-фенилпировиноградная кислота):
- Трехбуквенное наименование: PPY
- Полное наименование: 3-PHENYLPYRUVIC ACID
- Роль: Является продуктом пути биосинтеза фенилаланина и, предположительно, выступает в роли ингибитора фермента по принципу обратной связи. Связан с функцией белка.
- Ссылка на страницу PDB-лиганда: PPY Ligand
- Файл с координатами PPY из PDB: Скачать
- SELENOMETHIONINE (селенометионин):
- Трехбуквенное наименование: MSE
- Полное наименование: SELENOMETHIONINE
- Роль: Искусственная модификация, введенная для решения структуры методом аномальной дифракции (SAD). Не связан с биологической функцией белка.
- Ссылка на страницу PDB-лиганда: MSE Ligand
- Файл с координатами MSE из PDB: Скачать