S. azorense

Sulfurihydrogenibium azorense

Таксономия

Надцарство Bacteria (Бактерии)

Тип Aquificae

Класс Aquificae

Порядок Aquificales

Семейство Hydrogenothermaceae

Род Sulfurihydrogenibium

Вид Sulfurihydrogenibium azorense[1]

Описание среды обитания, свойств и особенностей бактерии:

Sulfurihydrogenibium azorense (штамм Az-Fu1 / DSM 15241 / OCM 825) – это водородокисляющая, термофильная, строго хемолитоавтотрофная грамотрицательная бактерия, обнаруженная в горячих источниках в районе Фурнаш, остров Сан-Мигель, Азорские острова, Португалия. Это первый наземный представитель класса Aquificales. Клетки подвижные, палочковидные (1,2-2,8 мкм в длину и 0,6-0,8 в ширину). Диапазон температур проживания – от 50 до 73 градусов Цельсия при оптимальном росте в 68 градусах. Быстрее всего растет в 0,1% р-ре NaCl и при pH 6, хотя рост наблюдается при рН от 5,5 до 7,0. S. azorense может использовать элементарную серу, сульфиты, тиосульфаты, двухвалентное железо и водород в качестве доноров электронов и кислород в качестве акцептора электронов. Она лучше всего растет в присутствии серосодержащих веществ. Также способна жить анаэробно, используя элементарную серу, арсенаты и трехвалентное железо в качестве акцепторов электронов.[2]

Почему секвенировали ее геном:

Это первый наземный представитель класса Aquificales. Так как GC-состав геномной ДНК равен 32%, филогенетический анализ генетической последовательности 16S рРНК выявил, что штамм принадлежит к роду Sulfurihydrogenibium. Основываясь на физиологических и молекулярных характеристиках нового штамма, было выдвинуто предположение, что Sulfurihydrogenibium azorense – это новый вид.[3]

Авторы, название и аннотация одной из статей о бактерии, найденной в БД PubMed:

Полные и черновые последовательности генома шести представителей семейства Aquificales.

Авторы:

Reysenbach AL, Hamamura N, Podar M, Griffiths E, Ferreira S, Hochstein R, Heidelberg J, Johnson J, Mead D, Pohorille A, Sarmiento M, Schweighofer K, Seshadri R, Voytek MA.

Аннотация:

Aquificales широко распространены в морских и наземных гидротермальных средах. В этой статье приведены сведения о полном и черновом варианте генетических последовательностей шести новых представителях Aquificales: два морских вида, Persephonella marina strain EX-H1 и Hydrogenivirga strain 128-5-R1, и четыре наземных вида, Sulfurihydrogenibium azorense strain Az-Fu1, Sulfurihydrogenibium yellowstonense strain SS-5, и Sulfurihydrogenibium strain Y03AOP1 (из Фурнаша, Азорские острова, Португалия и источников Калькутты и Обсидианского бассейна в Йеллоустонском национальном парке, США), и единственный термоацидофильный вид, Hydrogenobaculum strain Y04AAS1 (из течения, прилегающего к Обсидианскому бассейну.) Значительные различия среди разных существующих видов, включающие в себя азотистый обмен, использование водорода, хемотаксис и передачу сигнала, обеспечивают информацией об их экологической адаптивной нише.

Идентификатор статьи в PubMed (PMID):

PMID: 19136599 [PubMed - indexed for MEDLINE] PMCID: PMC2648382[4]

Бактерия была найдена по запросу Sulfurihydrogenibium[All Fields] AND azorense[All Fields] (8 результатов). Фильтр, ограничивающий время выхода статьи, не использовался, потому что первая статья о бактерии вышла сравнительно недавно - несколько лет назад.

Микрофотографии бактерии.[5]

Дополнительные данные о бактерии.

Максимально правдоподобное филогенетическое дерево, показывающее положение штамма Az-Fu1. Масштабная полоска отражает число зафиксированных мутаций в положении нуклеотида. Числа над ответвлением основаны на статистическом распределении с шагом 100.

Статистика генома S.azorense:

Название составляющей	Количество белков	Тип	Длина	Длина кодирующей области	GC-состав	Покрытие кодирующей области	Количество генов
Хромосома	1725	Кольцевая	1640877	900.903	32.8%	95%	1725

Картинки кликабельны

Источники информации: