Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro.
 - cхема из Pfam. Пояснения к схеме: закругленный край означает, что известно начало домена, зубчатый край означает, что конец домена не найден, но предполагается.
|
|||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов | Положение в последовательности белка YWHB_BACSU | Клан |
| 1. | PF01361 | Taut | 4-оксалокротонат таутомераза - фермент, превращающий 2-гидроксимуконат в альфа-бета-ненасыщенный кетон. Этот фермент является частью бактериального метаболического пути, который перерабатыват толуол, 3-этилтолуол и 1,2,4-триметилбензол в промежуточные звенья цикла лимонной кислоты. | 2-61 | Клан 4Oxalocrotonate_Tautomerase, содержит 8 семейств. |
Таблица 1. Доменная структура белка YWHB_BACSU по данным Pfam.
Домен входит в 3 различных архитектуры, для 2760 белков, содержащих домен, известна последовательность, для 12 разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура.
Сохранила выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену (рисунок 1).
Рисунок 1. Множественное выравнивание фрагментов белков, соотвествующих домену. Использовалась окраска по консервативности 27.
На мой взгляд, данное выравнивание не подтверждает гомологичность доменов. Консервативен пролин, который, скорее всего, является активным центром, остальные участки слабо консервативны. Много гэпов.
Результаты о встречаемости доменов в таксонах представила в виде таблицы 2 и рисунка 2.
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF01361.
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 1 |
| Грибы | 0 | |
| Животные | 1 | |
| Остальные эукариоты | 0 | |
| Археи | 52 | |
| Бактерии | 2702 | |
| Вирусы | 0 | |
Таблица 2. Представленность домена PF01361 в организмах разных таксонов.
Рисунок 2. Представленность домена PF01361 в организмах разных таксонов.
Вывод: домен почти не распространен среди эукариот, среди вирусов его нет вообще.
Открыла главную страничку InterPro. По идентификатору UniProt моего белка нашла описание всех подписей, интегрированных в InterPro. Рисунок 3 с разметкой всех мотивов вставила в отчет.
Рисунок 3. Разметка всех мотивов белка YWHB_BACSU.
Самый короткий мотив - PF01361 (59 остатков) - описан в банке Pfam. Самый длинный мотив - PB016049 (62 остатка) - также описан в банке Pfam. В InterPro интегрированы функциональные структуры, домены и сайты, белков из различных банков данных. Границы структурных доменов от границ доменов Pfam отличаются на 1-2 аминокистотных остатка, вероятно потому, что функциональный домен можно определить по-разному.