Часть синтаксиса команд bash составляют специальные символы, позволяющие уточнить или расширить работу команде. Примеры:
Символ |
Функции |
||||||
* |
Эквивалентно "любое количество любых знаков" |
||||||
? |
Эквивалентно "ровно один любой знак" |
||||||
[ ] ; { } |
Объединение выражения в одно, чаще в случае использования "маски". Также квадратные скобки используются для проверки истинности включенного в них выражения (чаще используются двойные квадратные скобки во избежание логических ошибок), для указания диапазонов, в т.ч. единичного индекса. Фигурные - для задания возможных вариантов, переменной или для вложенного блока. |
||||||
>, <, >>... |
Перенаправление ввода/вывода программы. Примеры:
>> вместо >, если в файле есть что-то ещё, позволит не уничтожать имеющуюся информацию в файле, а дописывать в конец. При использовании > и < в двойных квадратных скобках происходит сравнение выражений (либо в одинарных, но с добавлением перед символом \) |
||||||
| |
Перенаправление вывода stdout одной команды на stdin другой (конвейер). || используется для задания операции логического сложения |
||||||
; |
Позволяет записывать несколько команд в одной строке |
||||||
& |
Команда, маркированная этим знаком, проходит в фоновом режиме. && используется для задания операции логического умножения |
||||||
$ |
Подстановка значения переменной, идущей после этого символа |
||||||
! |
Логическое отрицание. Также используется для вызова команд из истории. |
||||||
( ) |
Позволяет запускать команды в дочернем процессе. |
||||||
# |
Любые команды, записанные после этого символа, считаются комментарием и не выполняются (кроме случаев, когда этот символ читается как знак) |
||||||
~ |
Переменная, хранящая информацию о домашней директории; ~+ хранит информацию о текущей рабочей директории, ~- - о предыдущей рабочей директории. |
||||||
Пробел |
Отделяет параметры друг от друга; кроме того, будучи поставленным перед командой, позволяет не записывать её в bash_history |
' - строго экранируют заключенное в них выражение; никакие служебные символы не интерпретируются
" - сохраняют свое значение $, ` и \, все остальные символы не интерпретируются
` - выполняет заключенную в них команду
Примеры команд:
echo $s - выведет на экран значение переменной s.
cal; echo "$s" - выведет на экран сначала календарь, а затем значение переменной s.
!2 >> file.txt - запишет stdout второй команды из .bash_history в конец файла file.txt
ls ???t.txt - выведет на экран все файлы в данной директории формата txt с именем из четырех символов, последний из которых - t
cd ~- - открывает предыдущую рабочую дирекорию.
cat file.txt | grep joke Найдет все случаи написания joke в файле file.txt, предварительно выведенном на экран.
Infoseq Функция: вывод основной информации о последовательностях.
(Командой infoseq sw:YWHB_BACSU -html можно представить эту информацию в виде таблицы)
| USA | Database | Name | Accession | Type | Length | Organism | Description |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| sw-id:YWHB_BACSU | sw | YWHB_BACSU | P70994 | P | 62 | Bacillus subtilis (strain 168) | Probable tautomerase YwhB (5.3.2.-) |
Можно записать информацию о программе infoseq в файл.
Для этого можно использовать разные опции:
infoseq –help 2> infoseq.info
man infoseq >infoseq1.info
В имени последовательности можно использовать "*":
Описание команды infoseq и ее параметров.
| Параметр | Функция |
| -outfile | [stdout] Если вводить здесь имя файла, программа напишет информацию о последовательности в этот файл. |
| -html | Сформировать вывод в таблицу HTML |
| -[no]columns | Установка этой опции на [Y] выводит информацию о последовательности в аккуратные, выровненные колонки в выходном файле. Если оставить на (N), в этом случае записи информации будут разделены символами, которые можно изменять опцией –delimiter. Другими словами, если включено –columns, опция –delimiter выключается. |
| -delimiter | [|] Эта строка, обычно одна буква, используется для разделения отдельных записей в выходном текстовом файле. Это может быть пробел, символ табуляции, вертикальная черта или любой другой символ или строка. |
| -only | Это способ сокращения командной строки, если нужно отображение лишь нескольких параметров. Вместо определения '-nohead -noname -noacc -notype -nopgc -nodesc' для получения только длины, можно ввести '-only -length' |
| -[no]heading | Вывод заголовков колонок |
| -usa | Вывод USA |
| -database | Вывод колонки «база данных» |
| -name | Вывод колонки «название» |
| -accession | Вывод колонки «код доступа» |
| -type | Вывод колонки «тип» |
| -length | Вывод колонки «длина» |
| -organism | Вывод колонки «организм» |
| -description | Вывод колонки «описание» |
| -seqversion | Вывод колонки «версия» |
| -pgc | Вывод колонки «GC-состав» |
| -help | Показать опции командной строки и выйти |