SRS

SRS

1. С помощью SRS нашла белок YWHB в банке SwissProt и описала его "особенности" (features) в его аминокислотной последовательности:

ID   YWHB_BACSU_1;  parent: YWHB_BACSU
FT   INIT_MET      1      1       Removed (By similarity).
SQ   Sequence     1 AA;
     M
//
ID   YWHB_BACSU_2;  parent: YWHB_BACSU
FT   CHAIN         2     62       Probable tautomerase YwhB.
FT                                /FTId=PRO_0000209523.
SQ   Sequence    61 AA;
     PYVTVKMLEG RTDEQKRNLV EKVTEAVKET TGASEEKIVV FIEEMRKDHY AVAGKRLSDM
     E
//
ID   YWHB_BACSU_3;  parent: YWHB_BACSU
FT   ACT_SITE      2      2       Proton acceptor; via imino nitrogen (By
FT                                similarity).
SQ   Sequence     1 AA;
     P
//
ID   YWHB_BACSU_4;  parent: YWHB_BACSU
FT   STRAND        3     10
SQ   Sequence     8 AA;
     YVTVKMLE
//
ID   YWHB_BACSU_5;  parent: YWHB_BACSU
FT   HELIX        14     32
SQ   Sequence    19 AA;
     DEQKRNLVEK VTEAVKETT
//
ID   YWHB_BACSU_6;  parent: YWHB_BACSU
FT   HELIX        36     38
SQ   Sequence     3 AA;
     EEK
//
ID   YWHB_BACSU_7;  parent: YWHB_BACSU
FT   STRAND       40     46
SQ   Sequence     7 AA;
     VVFIEEM
//
ID   YWHB_BACSU_8;  parent: YWHB_BACSU
FT   HELIX        48     50
SQ   Sequence     3 AA;
     KDH
//
ID   YWHB_BACSU_9;  parent: YWHB_BACSU
FT   HELIX        58     60
SQ   Sequence     3 AA;
     LSD
//

"Особенности" последовательности таковы: имеется инициализирующий метионин, удаленный за ненадобностью, цепь, длиной в 61 остаток, активный сайт - пролин в цепи А, четыре альфа-спирали и два бета-тяжа. Последовательности приведены выше.

Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к белку YWHB:

С помощью Save with PDBShortView получила список структур:

PDB:2OP8	CRYSTAL STRUCTURE OF YWHB- HOMOLOGUE OF 4-OXALOCROTONATE TAU 	MOL_ID: 1;                                                     MOLECULE: PROBABLE TAUTOMERASE YWHB;                          CHAIN: A, B;                                                  EC: 5.3.2.-;                                                  ENGINEERED: YES                                             	MOL_ID: 1;                                                     ORGANISM_SCIENTIFIC: BACILLUS SUBTILIS;                       ORGANISM_TAXID: 1423;                                         STRAIN: 168;                                                  GENE: YWHB;                                                   EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;                          EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562;                                 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21-GOLD(DE3)PLYSS;                EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;                       EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PET-24A(+)                       	4-OT, TAUTOMERASE, ISOMERASE                                 	M.L.HACKERT,C.P.WHITMAN,J.J.ALMRUD                           	
PDB:2OPA	YWHB BINARY COMPLEX WITH 2-FLUORO-P-HYDROXYCINNAMATE         	MOL_ID: 1;                                                     MOLECULE: PROBABLE TAUTOMERASE YWHB;                          CHAIN: A, B;                                                  EC: 5.3.2.-;                                                  ENGINEERED: YES                                             	MOL_ID: 1;                                                     ORGANISM_SCIENTIFIC: BACILLUS SUBTILIS;                       ORGANISM_TAXID: 1423;                                         STRAIN: 168;                                                  GENE: YWHB;                                                   EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;                          EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562;                                 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21-GOLD(DE3) PLYSS;               EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;                       EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PET-24A(+)                       	HOMOHEXAMER, 4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE, INHIBITOR, 2-FLUO   HYDROXYCINNAMATE, ISOMERASE                                 	M.L.HACKERT,C.P.WHITMAN,J.J.ALMRUD

Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка YWHB_BACSU из Bacillus subtilis

Полноразмерные белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией белка YWHB:

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
tautomerase	([swissprot-Description:tautomerase] ! [swissprot-Description:fragment])	101
oxalocrotonate tautomerase	(([swissprot-AllText:oxalocrotonate] & [swissprot-AllText:tautomerase]) & [swissprot-AllText:Firmicutes*])	19
oxalocrotonate tautomerase	(([swissprot-AllText:oxalocrotonate] & [swissprot-AllText:tautomerase]) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*])	19
oxalocrotonate tautomerase	((([swissprot-AllText:oxalocrotonate] & [swissprot-AllText:tautomerase]) & [swissprot-AllText:Firmicutes]) ! [swissprot-Description:fragment])	19

Сохранила полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате: сохраненный файл, и список последовательностей, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности: сохраненный файл

Нашла и изучила страницу с описанием поля "Taxonomy" банка Swissprot:

На "bacil" начинаются названия таксонов bacillaceae, bacillales, bacillariaceae, bacillariales, bacillariophyceae, bacillariophycidae, bacillariophyta, bacilli, bacillus;

Записей, описывающих белки из рода Bacillus в банке Swissprot - 23105;

Записей, описывающих белки из отдела Firmicutes - 68204.

Записи SwissProt, связанные с научными интересами известного российского(советского) биолога А.А.Нейфаха:

По запросу (([swissprot-RefNumber#1:1] > parent ) & ([swissprot-Authors:Neyfakh*] > parent )) найдено 12 результатов, но лишь 6 из них соответствуют статьям, у которых А.А.Нейфах - один их авторов первой статьи. Лишние результаты убраны вручную и представлены в таблице.

Научные интересы Нейфаха связаны с изучением аппаратов клетки, участвующих в развитии устойчивости к лекарствам; также он исследовал 168 штамм Bacillus subtilis.