UNIPROT
Сравнение белка YWHB и двух его ортологов
| Метка поля | Содержание | |||
| для своего белка | Для ортолога 1 | Для ортолога 2 | ||
| Идентификатор записи | ID | YWHB_BACSU | A7GPJ3_BACCN | D5DYS2_BACMQ |
| Код доступа первый ("Accession number") | AC | P70994 | A7GPJ3 | D5DYS2 |
| Код(ы) доступа остальные) | RX | MEDLINE=98015417; PubMed=9353933 | PubMed=17434157; DOI=10.1016/j.cbi.2007.03.003 | Нет |
| Дата создания документа | DT | 10-OCT-2003 | 11-SEP-2007 | 15-JUN-2010 |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 09-JAN-2013 | 09-JAN-2013 | 09-JAN-2013 |
| Название (краткое описание) белка | DE | RecName: Full=Probable tautomerase YwhB; EC=5.3.2.- | SubName: Full=4-oxalocrotonate tautomerase; | SubName: Full=4-oxalocrotonate tautomerase; EC=5.3.2.2 |
| Название организма | OS | Bacillus subtilis (strain 168) | Bacillus cereus subsp. cytotoxis (strain NVH 391-98) | Bacillus megaterium (strain ATCC 12872 / QMB1551) |
| Таксономия | OC | Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus. | Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; | Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus. |
| Название гена и синонимы | GN | Name=ywhB; OrderedLocusNames=BSU37540 | Нет | Нет |
| Номер публикации (брать только 1ю) | RX | MEDLINE=98015417; PubMed=9353933 | PubMed=17434157; DOI=10.1016/j.cbi.2007.03.003; | Нет |
| Автор(-ы) публикации | RA | Presecan E., Moszer I., Boursier L., Cruz Ramos H., De La Fuente V., Hullo M.-F., Lelong C., Schleich S., Sekowska A., Song B.H., Villani G., Kunst F., Danchin A., Glaser P.; | Lapidus A., Goltsman E., Auger S., Galleron N., Segurens B., Dossat C., Land M.L., Broussolle V., Brillard J., Guinebretiere M.-H., Sanchis V., Nguen-the C., Lereclus D., Richardson P., Wincker P.,Weissenbach J., Ehrlich S.D., Sorokin A. | Нет |
| Название публикации | RT | The Bacillus subtilis genome from gerBC (311 degrees) to licR (334 degrees).; | Extending the Bacillus cereus group genomics to putative food-borne pathogens of different toxicity. | Genome sequences of the industrial vitamin B12-producers B. megaterium QM B1551 and DSM319 reveal new insights into the Bacillus genome evolution and pan-genome structure. |
| Журнал | RL | Microbiology 143:3313-3328(1997) | Chem. Biol. Interact. 171:236-249(2008). | Submitted (FEB-2010) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases |
| Чем обосновано существование белка | PE | 1: Evidence at protein level | 4: Predicted; | 4: Predicted |
| Ссылка (-и) на базу 3D структур PDB | DR | PDB; 2OPA; X-ray; 2.40 A; A/B=2-62 PDB; 2OP8; X-ray; 2.50 A; A/B=2-62 ProteinModelPortal; P70994 Gene3D; 3.30.429.10; Tautomerase; 1. | Gene3D; 3.30.429.10; Tautomerase; 1. | Gene3D; 3.30.429.10; Tautomerase; 1 |
| Комментарии о сходстве последовательностей | CC | -!- SIMILARITY: Belongs to the 4-oxalocrotonate tautomerase family. | Нет | Нет |
| Особенность: активный сайт | FT | ACT_SITE 2 2 Proton acceptor; via imino nitrogen (By similarity). | Нет | Нет |
| Особенность: альфа-спираль | FT | HELIX 14
32 HELIX 36 38 HELIX 48 50 HELIX 58 60 |
Нет | Нет |
Ответы на вопросы:
d. Какие аминокислотные остатки участвуют в образовании активного центра? (перечислите №№ позиций и полные названия) - В образовании активного центра участвует остаток под номером 2 в цепи A - пролин, Pro, P.
e. Какие ионы связываются с белком? -С белком не связано никаких ионов.
f. Какие мутации Вашего бека исследованы? Какие аминокислотные остатки (русское название, трехбуквенный код, номер в цепи) мутировали и к чему это приводило? - Нет исследованных мутаций.
g. Какие участки белка (напишите номера аминокислотных остатков) участвуют в связывании лиганда? Какого? - С FHC (лигандом данного белка, бинарным комплексом 4-оксалокротонат таутомеразы с 2-фтор-3-(4-гидроксифенил)-2-пропеноловой кислотой (YWHB binary complex with 2-fluoro-p-hydroxycinnamate))наиболее сильно взаимодействуют аминокислотные остатки Tyr50 (A), Pro1 (B) - гидрофобные связи - и Arg11 (A) - водородные связи.
k. Напишите номера и названия аминокислотных остатков, чьи боковые цепи связаны ковалентной связью. - В структуре белка нет цистеина, который может образовывать дисульфидные мостики, являющиеся ковалентными связями.
m. Получите последовательность 2-й альфа-спирали, используя команду seqret пакета EMBOSS. - Узнаем, какие остатки являются началом и концонм спирали. Используем команду seqret sw:ywhb_bacsu stdout -sbegin 36 -send 38 Это - EEK.
n. Получите последовательность 3-го бета-тяжа, используя команду seqret пакета EMBOSS. - В данном белке всего два бета-тяжа. Метод действия - как в предыдущем вопросе.
o. Последовательности большинства белков начинаются с метионина. Почему? После биосинтеза в процессе созревания белка метионин может быть удален. Указан ли метионин в начальной позиции заданного белка? А удаляется ли он потом? - Метионин служит инициирующим кодоном у большинства организмов. В данной последовательности метионин в начале присутствует, хотя инициирующий метионин вырезан.
q. Предложите мутацию, которая, на Ваш взгляд, сильно повлияет на активность белка. - Эта мутация будет происходить в области контакта лиганда и белка. К примеру, сильное гидрофобное воздействие на лиганд оказывает близко расположенный тирозин. Его замена на неароматическую аминокислоту скорее всего приведет к потере лиганда и, как следствие, снижению активности.
Сравнивая белки, мы понимаем, что ортологи ywhb мало исследованы: нет 3D-моделей, особенностей вторичной структуры, лишь упоминания в публикациях. Также стоит отметить, что по длине ортологи почти в два раза больше исследуемого белка, что, возможно, говорит о малом сходстве.
Число предполагаемых ортологов YWHB в базах данных Swissprot и TrEMBL:
Число находок по запросу (4-oxalocrotonate tautomerase) AND reviewed:yes в базе данных Swissprot - 70.
Число находок по запросу (4-oxalocrotonate tautomerase) AND reviewed:no в базе данных TrEMBL - 4446.
Видно, что результаты запросов значительно отличаются. Это связано с тем, что база данных TrEMBL составлена из предсказанных последовательностей, а база данных Swissprot - из последовательностей, которые действительно существуют, и это экспериментально подтверждено. Конечно же, вычисленных и неподтвержденных последовательностей будет больше.
Оперон - участок ДНК, транскрипция которого осуществляется на одну молекулу информационной РНК под контролем одного специального белка-регулятора.
Случилось так, что оперона белка YWHB нет в базе данных. И это становится понятно из графического изображения генов в геноме Bacillus subtilis.
Ген, кодирующий белок YWHB, направлен в другую сторону по сравнению с соседними генами (находится на другой цепи ДНК), что не позволяет транскрибировать его с кем-то еще.