Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Определила число контактов и заполнила следующую таблицу 1.
Таблица 1. Контакты разного типа в комплексе 1hw2.pdb
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 6 | 10 |
| остатками фосфорной кислоты | 6 | 1 | 7 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 0 | 1 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Исходя из полученных данных, можно сделать вывод, что азотистые основания намного меньше вступают во взаимодействия с белком; контакты белка и ДНК, в основном, обеспечиваются полярными остатками фосфорной кислоты и неполярными остатками 2'-дезоксирибозы.
Получила популярную схему ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot.
Рисунок 1. Схема ДНК-белковых контактов.
Из полученного изображения становится понятно, что самым важным для определения последовательности ДНК является фосфат между восьмым и девятым основаниями - к нему подходит большее количество связей.
Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Нужно было предсказать вторичную структуру путем поиска инвертированных повторов в программе einverded, а также с помощью алгоритма Зукера в программе MFOLD. Результаты предсказаний в сравнении с реальной струтурой показаны в таблице 2. Лучшее изображение, полученное с помощью программы MFOLD можно посмотреть на рисунке 2 (третье предсказание).
| Таблица 2. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК. | |||
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5'-1-7-3' 5'-66-72-3' всего 7 пар |
Предсказано 7 из 7 | Предсказаны все |
| D-стебель | 5'-10-13-3' 5'-22-25-3' всего 4 пары |
Предсказано 0 из 4 | Предсказаны все |
| T-стебель | 5'-49-53-3' 5'-61-65-3' всего 5 пар |
Предсказано 5 из 5 | Предсказаны все |
| Антикодоновый стебель | 5'-41-44-3' 5'-22-25-3' всего 4 пар |
Предсказано 6 из 6 | Предсказаны все |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 16 | 20 |
Рисунок 2. Лучшее изображение, полученное с помощью программы MFOLD.