Укоренение деревьев

Укоренение в среднюю точку

В предыдущем практикуме было два дерева, укорененных с помощью Neighbour joining. Оба я обработала с помощью программы retree. Получила изображения того, какие деревья были (рисунки 1 и 3), и какими стали после укоренения в среднюю точку (рисунки 2 и 4).

Рисунок 1. Филогенетическое дерево, использованное для выполнения задания, укорененное с помощью Neighbour joining и Blosum62.

Рисунок 2. Филогенетическое дерево, полученное после укоренения в среднюю точку, укорененное с помощью Neighbour joining и Blosum62.

Ничего не изменилось, разве что корень сместился чуть ближе к крупной ветви.

Рисунок 3. Филогенетическое дерево, использованное для выполнения задания, укорененное с помощью Neighbour joining и Average distance.

Рисунок 4. Филогенетическое дерево, полученное после укоренения в среднюю точку, укорененное с помощью Neighbour joining и Average distance.

Дерево было укоренено в ветвь {CLOTE, CLOBE, FINM2} vs {LACDA, LACAC, ENTFA, LACLM, STRP1}.

Использование внешней группы

Рисунок 5. Филогенетическое дерево, полученное после использования внешней группы с помощью Maximum parsimony.

Бутстрэп

Провела бутстрэп-анализ филогении своих белков. Для этого в окошке, которое открывается после вызова программы, в меню "Test of Phylogeny" выбрала "Bootstrap method". Указала число реплик, равное 100. Ниже приведены изображения деревьев после бутстрепа (рис. 6) и до него (рис. 7)

Рисунок 6. "Bootstrap consensus tree"

Рисунок 7. "Original tree"

Как видно из рисунков выше, полученное в ходе бутстрепа дерево не отличается по структуре от построенного методом neighbour joining. Дерево имеет всего две общие ветви с правильным. Как видно, неправильные ветви получили меньшую поддержку.