Дана структура 1LMP, представляющая комплекс лизоцима радужной форели в комплексе с лигандом.



Проанализировав структуру сайта связывания, предположила, что мутация по остатку Asp52 может привести к потере возможности связывания лиганда. Карбоксильная группа данного остатка расположена очень близко к гидроксильной группе лиганда (2.4 Å); замена аспартата на что-то более объемное, или противоположно заряженное, может помешать связыванию лиганда.
Средствами Wizard->Mutagenesis была получена мутация в белке:
Asp52 был заменен на Tyr52. Как видно из рисунка ниже, тирозин явно препятствует связыванию лиганда.



Флуоресцентная метка Tamra, пришитая к остатку Ser81 через сложноэфирную связь.




С помощью данного скрипта создана цепочка из сотни аланинов.

Используя babel (obgen my.smi > my.mol), построила структуру кубана:



cubane.smi
cubane.mol