После оптимизации в MOPAC структура нафталена оказалась плоской, какой и должна быть, а вот азулен пришлось оптимизировать в силовом поле UFF:





Нижняя картинка - азулен, оптимизированный в силовом поле UFF.

В результате были получены файлы nap.out и azu.out
С помощью babel они были преобразованы во входной формат программы GAMESS: nap_opt.inp и azu_opt.inp
После оптимизации геометрии нафталени и азулена в GAMESS были получены файлы nap_opt.log и azu_opt.log
На основе полученных координат были составлены новые входные файлы для GAMESS, по два на каждую молекулу:
по Хартри-Фоку: nap_opt_hf.inp и azu_opt_hf.inp
по теории функционала плотности: nap_opt_dft.inp и azu_opt_dft.inp
Далее были рассчитаны энергии четырех систем в GAMESS. Результаты приведены в таблице.

Значения энергии систем:

Вещество	E Naptalene	E Azulene	dE, Hartree	dE, kCal/mol
Хартри-Фок	-383.3549297	-383.2825463	0.0723834	45.421269
DFT	-385.6401629	-385.5857456	0.0544173	34.147371

Примечание: 1 Hartree = 627.509469 kcal/mol

Так как из эксперимента известно, что энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3±2.2 ккал/моль, а значение разности энергий, рассчитанное с применением теории функционала плотности, укладывается в приведенное экспериментальное значение, можно сделать вывод, что метод, основанный на применении теории функционала плотности точнее и лучше, чем метод Хартри-Фока.

по Хартри-Фоку: nap_hf.log и azu_hf.log
по теории функционала плотности: nap_dft.log и azu_dft.log