1. Выбор структуры белка
Для выполнения последующих заданий данного блока была выбрана структура человеческого белка RCC2 - Regulator Of Chromosome Condensation 2 с разрешением 1.309 Å (PDB ID: 5GWN).
Данная структура удовлетворяет следующим требованиям:
2. Изображение электронной плотности
Файл с электронной плотностью был загружен с со страницы PDBe. На рис. 1 приведено изображение электронной плотности покруг остова полипептидной цепи. Для его получения использовались следующие команды:
hide eve, not backbone as sticks, 5gwn isomesh backbone_map, map, 1, backbone, carve=1.6
 |
Рис.1 Электронная плотность вокруг полипептидной цепи (σ=1) |
Значение уровня подрезки ЭП на рис. 1 равно 1. Это значение электронной плотности в сигмах, по которому строится поверхность. Чем оно больше, тем меньше изображаемая электронная плотность. На рис. 2 приведена визуализация ЭП при различных значениях уровня. При его увеличении ЭП пропадает с петель белка, расположенных по краям глобулы. Возможно, это связано с наибольшей поддвижностью этих частей белка.
 |
Рис. 2 Изображение электронной плотности при различных значениях уровня |
На рис. 3 представлена ЭП для трех аминокислотных остатков: Gln134, Phe352, Trp172 при уровне подрезки = 1. Сгущения электронной плотности на данных изоражениях соответствуют расположению атомов боковых групп аминокислот. Однако при повышении уровня подрезки электронная плотность покрывает не все атомы боковых остатков. На рис. 4 приведена ЭП тех же самых остатков для уровня подрезки = 3. У ароматических остатков наблюдаемая картина хорошая, все атомы покрыты электронной плотностью. У Gln только атомы, входящие в остов покрываются электронной плотностью, а атомы боковой цепи при данном уровне подрезки ЭП различить невозможно.
|
Рис. 3 Изображение электронной плотности вокруг аминокислотных остатков (σ=1) |
|
Рис. 4 Изображение электронной плотности вокруг аминокислотных остатков (σ=3) |