Для выполнения задания была выбрана низкомолекулярная белковая тирозинфосфатаза Bos taurus. Структура РСА имеет PDB ID: 1DG9, разрешение составляет 1.9 Å. С помощью сервиса Stride была определена вторичная структура белка, выдачу программы можно посмотреть по ссылке: stride.txt.
 |
Рис. 1. Структура 1DG9, окраска по элементам вторичной структуры |
В табл.1 приведено сравнение границ некоторых элементов вторичной структуры, представленных в PDB и определенных с помощью сервиса Stride. Все элементы, указанные в PDB, определяются и в Stride, но границы для α-спиралей отличаются на 1-2 а.о. Также одна спираль, указанная в PDB как 310-спираль, в Stride определяется как просто α-спираль. В случае β-тяжей значения границ полностью совпадают.
Таблица 1. Границы элементов вторичной структуры для PDB ID: 1DG9 (указаны номера а.о. для выдачи Stride и из аннотации PDB)
| № | Stride | PDB |
| α-спираль | ||
| 1 | 18-33 | 18-32 |
| 2 | 80-84 | 81-84 |
| 3 | 93-105 | 93-103 |
| 4 | 135-156 | 135-156 |
| 5 | 57-66 | - |
| 310-спираль | ||
| 1 | 36-38 | 36-38 |
| 2 | - | 57-65 |
| 3 | 116-119 | 116-119 |
| β-тяж | ||
| 1 | 6-12 | 6-12 |
| 2 | 39-45 | 39-45 |
| 3 | 87-90 | 87-90 |
| 4 | 112-115 | 112-115 |
В структуре помимо 310-спиралей, представленных на рис.2, присутствуют другие редкие элементы вторичной структуры, например, β-мостики. Их образуют остатки Ala74, Gln76, Arg53 (рис.3). Для остатка Ala74 на рис.3 также приведены образуемые им водородные связи.
 |
Рис. 2. 310-спирали, определенные Stride (выделены красным) |
 |
Рис. 3. Слева: статки, образующие β-мостики(Ala74, Gln76, Arg53); справа - водородные связи для остатка Ala74 |