Учебный сайт Васильевой Елены

С помощью сервиса CluD были найдены гидрофобные кластеры в структуре белка 3MWB. Результаты запуска CluD с параметрами Distance threshold=5, show clusters not smaller than = 12 представлены на рис. 1.

Рис. 1. Гидрофобные кластеры в структуре 3MWB; 1- структура 3MWB; 2 - гидрофобные кластеры в двух мономерах, соответствующие одному из доменов; 3,4 - гидрофобные кластеры в мономерах, соответствующие второму домену.

Как видно на рис. 1.1 структура 3MWB является гомодимером. Каждый из мономеров состоит из двух доменов. В каждом из доменов обнаруживаются свои гидрофобные кластеры. Первый домен является довольно большим, и его его гидрофобный кластер (если говорить о мономере) образован более чем 200 остатками (рис 1.2). Второй домен более маленький, в нем обнаруживаются гидрофобные кластеры, представленные на рис. 1.3 и 1.4.

На рис. 2 представлены гидрофобные кластеры на интерфейсе двух цепей того же белка 3MWB. Они гораздо меньше по размеру, в них входит от 3 до 20 остатков.

Рис. 2. Гидрофобные кластеры между цепями 3MWB: 1-структура 3MWB; 2 - гидрофобные кластеры на интерфейсе между цепями A и B

На рис. 3 представлены гидрофобные кластеры, обнаруженные в структуре комплекса ДНК с полимеразой Dpo4 (PDB ID: 1N48 ). Здесь также наблюдаются небольшие кластеры размером 3-8 остатков, причем они образуются в области контактов белка с обоими цепочками ДНК.

Рис. 3. Гидрофобные кластеры в структуре 1N48: 1-между цепями A и B; 2 - между цепями A и C