Организм: Methanopyrus kandleri AV19
Archaea; Euryarchaeota; Methanopyri; Methanopyrales; Methanopyraceae; Methanopyrus.
Род: Methanopyrus
Вид: Methanopyrus kandleri
Штамм: AV19
Информация об архее:
Methanopyrus - род Метаногены, с одним из описанных видов, М. kandleri. Этот гипертермофил, обнаружили на стене одного из черной курильщиков в Калифорнийском заливе на глубине 2000 м, при температуре 84-110 ° С. Образует метан как побочный продукт метаболизма в бескислородных условиях. [1] [2]
Информация из записей банка RefSeq:
Идентификатор записи в базе данных RefSeq на сайте NCBI, который содержит информацию о полном геноме археи: NC_003551.
Содержание записи: полный геном хромосомы, кольцевая молекула ДНК.
Длина последовательности генома: 1694969 п.н.
Окружение гена белка DNA-directed RNA polymerase subunit A' в геноме археи Methanopyrus kandleri.
Фрагмент хромосомы археи Methanopyrus kandleri AV19 с указанием генов, расположенных на этом участке, и их продуктов представлен на рисунке 1. Данные гены расположены на одной цепи.
Рис1. Фрагмент хромосомы археи Methanopyrus kandleri AV19 с указанием гена NP_613970.1, его ближайших соседей и их продуктов.Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI. Исходное изображение. [3]
Изучаемый ген RpoC_2: длина 2862 bp, направление -1; кодирует продукт DNA-directed RNA polymerase subunit A', длина 953 аминокислотных остатка.
Соседний ген RpoC_1: длина 1290 bp, направление -1; кодирует продукт DNA-directed RNA polymerase subunit A'', длина 429 аминокислотных остатка. Расстояние до гена белка NP_613970.1 = -3 п.н., рамка считывания относительно гена белка NP_613970.1 +2.
Соседний ген RpoB_1: длина 1923 bp, направление -1; кодирует продукт DNA-directed RNA polymerase subunit B', длина 640 аминокислотных остатков. Расстояние до гена белка NP_613970.1 = -3 п.н., рамка считывания относительно гена белка NP_613970.1 +2.
Ген белка NP_613970.1 и два соседних гена расположены на одной цепи, следовательно они могли бы входить в один оперон.
В 3' направлении ближайший ген на комплементарной цепи находится на расстоянии 12 генов. В 5' направлении ближайший ген на комплементарный цепи находится на расстоянии 6 генов.