Visualization of molecules (Визуализация молекул)
Innards of proteins (Внутренности белков)
Hydrogen bonds between the protein and DNA (Водородные связи между белком и ДНК)
Search in databases (Поиск в базах данных)
Alignment and homology (Выравнивание и гомология)
Predicting the pairwise alignment (Предсказание парных выравниваний)Uniprot
1.Определите код референсного протеома бактерии Brucella abortus. Ответ: UP000002719.
2. Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus. Ответ: 15 находок.
3. Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus, кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные (uncharacterized protein). Ответ: 14 находок.
4. Найдите белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus. Ответ: 29 находок.
Селеноцистеин — 21-я протеиногенная аминокислота, аналог цистеина с заменой атома серы на атом селена. Входит в состав активного центра фермента глутатионпероксидазы, а также в состав селенопротеинов, деиодаз и некоторых других белков.
По запросу annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes было обнаружено 254 находки, которые Вы можете посмотреть в этом файле
Белки, содержащие селеноцистеин, встречаются у клеточных организмов таких, как Эукариоты (у животных и зеленых растений), Бактерии, Археи, Грибы и Isochrysidales. Также данные белки встречаются у вирусов.
По запросу selenoprotein[Title/Abstract] AND translation[Title/abstract] AND "loattrfull text" [sb] AND review [sb] было найдено 20 статей, содержащих информацию о трансляции селеноцистеина. Их можно посмотреть в этом файле.
Информация о том, как селеноцистеин закодирован в генах таких белков, была найдена в статье Seeher S, Mahdi Y, Schweizer U. Post-transcriptional control of selenoprotein [2] . Селеноцистеин кодиреутся кодоном UGA (STOP), за которым в 3'-нетранслируемой области мРНК закодирована Sec insertion sequence, для распознования которой служит белок SECIS-binding protein 2 (SBP2)
Общее название белков, которые содержат селеноцистеин, - это селенопротеины.
Всего в PDB было найдено 42 структуры для 23 белков (поиск в Advanced search по PDB ID структурам из таблицы Uniprot; запрос: Query Parameters: Simple query for a list of PDB IDs (44 IDs) : 1AA6,1CC1,1FDI, 1FDO...), что, вероятно, связано с тем, что одному белку может принадлежать несколько структур. Результаты можно посмотреть в этом файле.