Visualization of molecules (Визуализация молекул)
Innards of proteins (Внутренности белков)
Hydrogen bonds between the protein and DNA (Водородные связи между белком и ДНК)
Search in databases (Поиск в базах данных)
Alignment and homology (Выравнивание и гомология)
Predicting the pairwise alignment (Предсказание парных выравниваний)После того, как структура загрузится, надо нажать кнопки:
Продолжить исполнение скрипта:
Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Text of the script for 3rd task
| Таблица №1. Гидрофобные ядра в белке. | |||
| № | № ядра | Число атомов в ядре | % от общего числа атомов |
| 1 | core7 | 4955 | 9,7% |
| 2 | core152 | 1238 | 2,43% |
| 3 | core156 | 9844 | 19,3% |
Минимальное расстояние от остатка, на котором расположены атомы, которые полностью покрывают его поверхность (так, что практически не видно атомов этого остатка), равно 4 Å.
Характерное расстояние между соседними атомами в белке 5-6 Å.
Может ли между соседними атомами поместится еще один? Например, молекула воды? Между соседними атомами может поместиться еще один атом и даже молекула воды, так как ван-дер-ваальсов радиус кислорода = 0,14 а.е.= 0,74*10-11м < 1Å.
Взаимодействие белка с ДНК.
Скрипт ProtDNA показывает ДНК-белковый комплекс. Представленный белок относится к эндонуклеазам и способен осуществлять ферментативный гидролиз фосфодиэфирной связи, что приводит к разррушению ДНК.