Рентгеноструктурный анализ

I. Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)

• Структура 1BL8, используемая в работах в этом блоке
• Изображение ЭП вокруг полипептидной цепи
• Изображение ЭП вокруг аминокислотных остатков

II. Восстановление кристалла из PDB файла

• Взаимодействия белка с белками соседних ячеек и стабильность кристалла
• Расположение белковых цепей в структуре ДНК-белкового комплекса 3HDD
• Реконструкция дерева с помощью JalView

III. Качество восстановления функции ЭП

• Создание модельной функции ЭП в одномерной элементарной ячейке
• Расчет параметров сигнала, моделирующих экспериментальные данные: амплитуды и фазы
• Восстановление функции ЭП по модельным ("экспериментальным") данным
• Оценка качества восстановления функции ЭП

IV. Данные структурных факторов

• Изучение полноты данных в файле структурных факторов

V. Отчeт по качеству РСА расшифровки структуры

• Отчет по качеству РСА расшифровки структуры 1BL8

VI. Сравнение водородных связей в структурах белка, расшифрованных с помощью ЯМР и РСА

• Сравнение водородных связей в структурах 1b56 (РСА) и 1jjj (ЯМР)

VII. Анализ трехмерных структур

• Определение вторичной структуры
• Совмещение структур
• Нахождение гидрофобных кластеров
• Построение поверхности, раскраска участка поверхности: pymol
• Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
• Использование сайта PDB

---