Описание белка порфириназы из генома бактерии Zobellia galactanivorans штамма DsiJTB-63186
Краткая информация о функции белка:
Бета-порфираназа гидролизирует 1,4-бета-D-галактозидные связи в порфиранах; содержит С-концевой домен с неизвестной функцией; принадлежит семье 16 гликозид гидролаз (GH16); сигнальный пептид расщепляется между остатками 18 и 19; локализованна в периплазматическом пространстве; высокоспецифична.
Информация о белке и его гене, полученная из записи NC_015844 базы данных RefSeq с полным геномом бактерии, приведена в таблице 1. На рис. 1 изображена окрестность в геноме гена описываемого белка.
Таблица 1. Информация о порфираназе из генома Zobellia galactanivorans
штамма DsiJT B-63186(идентификатор YP_004737029 в базе RefSeq)
| Вид информации | Квалификатор в записи генома | Значение |
| Локус гена в геноме | /locus_tag | zobellia_3878 |
| Имя гена | /gene | porA |
| Идентификатор гена в базе данных NCBI Gene | /db_xref=”GeneID:…” | 10975284 |
| Начало гена в геноме | — | 3055451 |
| Конец гена в геноме | — | 3056983 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) | — | Обратная |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) | — | 1533 (с учетом стоп-кодона) |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein | /protein_id | YP_004737029.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) | — | 510 |
Рис. 1. Геномная окрестность гена белка бета-порфириназы из генома бактерии Zobellia galactanivorans. Ген отмечен черной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Из рисунка следует, что по два гена с каждой стороны со-направлены с данным. Я думаю, что эти пять генов могут быть в одном опероне поскольку они сонаправлены.
На рис.2 изображена трехмерная структура белка.
Рис. 2. Трехмерная структура белка бета-порфириназы бактерии Zobellia galactanivorans. Изображение получено с помощью базы структур белков NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure)
