Описание генома бактерии Zobellia galactanivorans штамма DsiJT B-63186
Бактерия была обнаружена в составе микрофлоры кишечника японцев. В ходе исследований было обнаружено, что она способна переваривать сложные углеводы (агары) из стенок красных водорослей [1]. Исследованию комплекса ферментов (Complex Agarolytic Enzyme System), позволяющих ей это делать, посвящено немало работ [2] [3] [4] [5] .
Геном бактерии Zobellia galactanivorans штамма DsiJT B-63186 состоит из одной хромосомы, т.е. из одной двухцепочечной молекулы ДНК. Он описан в записи NC_015844 базы данных RefSeq. Длина генома – 5521712 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных цепей ДНК.
По данным из записи NC_015844, в геноме закодировано 4 783 генов белков, помимо этого есть гены, кодирующие tRNA и некоторые другие молекулы. Среди генов белков есть белки с функцией «Pseudogene» - в описании этих генов можно прочесть, что они являются транспозоназами.
Описание оперона АТФ-синтазы в геноме Zobellia galactanivorans штамма DsiJT B-63186
АТФ-синтаза – белок, состоящий из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе АТФ – молекул, аккумулирующих энергию. α-субъединица АТФ-синтазы закодирована на матричной цепи, см. рис.3, на котором ее ген обозначен atpA2.
На рис.3 можно увидеть все со-направленные с atpA2 гены. Все со-направленные гены описаны также в таблице 2. Из таблицы следует, что возможный оперон включает 9 белков.
Рис. 3. Окрестность гена atpA2 в геноме Zobellia galactanivorans штамма DsiJT B-63186. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Таблица 2. Гены, предположительно входящие в один оперон с геном atpA. Предыдущий и следующий гены расположены на прямой цепи (т.е. в ориентации +1), в таблицу они не включены
| № | Начало | Конец | Ориен- тация |
Межгенное расстояние |
Поле/product | Перевод |
| 1 | 4556569 | 4558047 | 1 | ATP synthase F1 subunit beta | β-субъединица F1 АТФ-синтазы | |
| 2 | 4558064 | 4558453 | 1 | 18 | ATP synthase F1 subunit epsilon | ε–субъединица F1 АТФ-синтазы |
| 3 | 4558450 | 4558782 | 1 | 87 | ATP synthase gene 1 | Ген АТФ-синтазы 1 |
| 4 | 4558868 | 4559077 | 1 | 3 | hypothetical protein | гипотетический белок |
| 5 | 4559079 | 4559807 | 1 | 64 | F0 ATP synthase subunit A | А субъединица F0 АТФ-синтазы |
| 6 | 4559870 | 4560139 | 1 | 9 | ATP synthase F0 subunit C() | С-субъединица Fo АТФ-синтазы |
| 7 | 4560147 | 4560893 | 1 | 14 | ATP synthase F1 subunit beta | β-субъединица F1 АТФ-синтазы |
| 8 | 4560916 | 4562445 | 1 | 20 | ATP synthase F1 subunit epsilon | ε–субъединица F1 АТФ-синтазы |
| 9 | 44562464 | 4563369 | 1 | 20 | ATP synthase gene 1 | Ген АТФ-синтазы 1 |
Важно отметить, что данная АТФ-синтаза относится к F-типу. Также интересно заметить, что рядом с опероном АТФ-синтазы находятся гены гликолиза с одной стороны и гены дыхательной цепи – с другой, что позволяет говорить о том, что опероны, выполняющие сходные функции часто находятся рядом.
Источники:
[1] http://sciblogs.co.nz/infectious-thoughts/tag/zobellia-galactanivorans/
[2] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23782694
[3] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22778272
[4] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21332624
[5] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3436304/
