Сравнение структуры белка β-порфириназы А и β-агаразы A из генома бактерии Zobellia galactanivorans
Мною было произведено сравнение структуры белка β-порфириназы А и β-агаразы A из генома бактерии Zobellia galactanivorans.
Второй белок был выбран как схожий по структуре с порфираназой с помощью PDBeFold(первую страницу результатов поиска можно увидеть на рис. 1). Последовательность белка β-агаразы A:
MDIAQDWNGIPVPANPGNGMTWQLQDNVSDSFNYTSSEGNRP
TAFTSKWKPSYINGWTGPGSTIFNAPQAWTNGSQLAIQAQPA
GNGKSYNGIITSKNKIQYPVYMEIKAKIMDQVLANAFWTLTD
DETQSIDIMEGYGSDRGGTWFAQRMHLSHHTFIRNPFTDYQP
MGDATWYYNGGTPWRSAYHRYGCYWKDPFTLEYYIDGVKVRT
VTRAEIDPNNHLGGTGLNQATNIIIDCENQTDWRPAATQEEL
ADDSKNIFWVDWIRVYKPVAVSLEHHHHHH
Этот белок входит в один функциональный комплекс с β-порфираназой и участвует в переваривании сложных углеводов. Более того, согласно некоторым предположениям, они являются гомологами, более того, кроме них в Zobellia galactinovarans есть целая группа белков, участующих в расщеплении углеводов и являющихся предками одного белка. В ходе эволюции они постепенно эволюционировали, специализируясь на определенных функциях.(информация получена из статьи, ссыла на которую приведена ниже.).
Из краткой аннотации на сайте Uniprot была получена следующая информация:
"Расщепляет β-1,4-связи между остатками β-D-галактозой и α-L-3,6-ангидро-галактазой в агарозе."
Рис. 1. Результат работы PDBeFold
Оба найденных белка принадлежат бактерии Zobellia galactanivorans Подробное сравнение, сделанное PDBeFold можно увидеть на рис. 2.
Рис. 2. Результат сравнения белков в PDBeFold
С помощью Jmol я построил совмещение цепей этих белков(см. рис. 3.).
Так же мною был выбран участок совмещения для более детального анализа рис. 4. Были выделены участки обоих цепи(зеленым -& beta;-порфириназы А, синим - β-агаразы A, красным -несовпадающий участок β-агаразы A ), С-α атомы beta;-порфириназы А, находящиеся на расстоянии меньше 1.5А от цепи агаразы - синим, наоборот- зеленым.
Рис. 3. Совмещение цепей белков β-порфириназы А и β-агаразы A(голубым цветом выделена цепь β-порфириназы А, синим - цепь β-агаразы A)
Рис. 4. Более детально рассмотренный участок совмещения цепей белков β-порфириназы А и β-агаразы.
Результат поиска белков, схожих с β-порфириназой А по некоторым признакам
Результаты поиска белков, схожих с β-порфириназой А по некоторым признакам можно увидеть в этом файле. Последовательность критериев поиска(разные результаты окрашены разными цветами):
- Белки из того же организма
- Белки, содержащие в названии слово "порфираназа"
- Структуры белков, выложенные в тот же день
- Один из авторов структуры - Hehemann,J.H., у белка есть лиганд Ca2+
- Дейтсвие белка как-то связано с β-1,4-связями
Ссылки
- Hehemann JH, Correc G, Thomas F, Bernard T, Barbeyron T, Jam M, Helbert W, Michel G, Czjzek M. Biochemical and structural characterization of the complex agarolytic enzyme system from the marine bacterium Zobellia galactanivorans. J Biol Chem. 2012 Aug 31;287(36):30571-84. doi: 10.1074/jbc.M112.377184. Epub 2012 Jul 9. PubMed PMID: 22778272; PubMed Central PMCID: PMC3436304.
