Uniprot. NCBI->Protein.Поиск по аннотации
Uniprot. Компоненты АТФ-синтазы бактерии Zobelia galactivorans
Мною был произведен поиск компонентов АТФ-синтазы бактерии Zobelia galactivorans. История запросов приведена в таблице 1.
Для удобства выполнения последующих заданий в результаты посика была добавлена информация из EMBL(Customize->Cross-reference->Cross-reference(EMBL)).Результы последнего запроса показаны на рис. 1.
Было найдено 16 компонентов АТФ-синтазы, из них ни один не был проверен экспертом. 12 белков предсказаны исходя из гомологии с белками других организмов(inferred from homology), 4 просто предсказаны("predicted"). Можно предположить, что этими белками никто не интересовался и их точная функция неизвестна.
Таблица 1. Таблица запросов для поиска белков - компонент АТФ-синтазы бактерии Zobelia galactivorans в Uniprot
| Геном или таксон | Строка запроса | Число записей | Комментарии |
| геном Zobellia galactanivorans (strain DSM 12802 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij) | organism:"Zobellia galactanivorans DsiJTB-63186" | 0 | |
| геном Zobellia galactanivorans (strain DSM 12802 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij) | organism:"Zobellia galactanivorans" | 4711( 10 reviewed, 4,701 unreviewed ) | Все белки бактерии |
| геном Zobellia galactanivorans (strain DSM 12802 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij) | organism:"Zobellia galactanivorans" AND gene:atp* | 16 (0 reviewed, 16 unreviewed) | Все компоненты АТФ-синтазы |
Рис. 1. Компоненты АТФ-синтазы бактерии Zobellia galactanivorans в Uniprot
В таблице 2 представлены имена генов, кодирующих компоненты АТФ-синтазы бактерии Zobellia galactanivorans и их локусы. Файл в формате .fasta с последовательностям кодируемых белков можно по этой ссылке. Группы ко-локализованных генов выделены в таблице разными цветами
Таблица 2. Компоненты АТФ-синтазы бактерии Zobellia galactanivorans в Uniprot
| Имя гена | Локус (OrderedLocusNames) |
| atpC1 | zobellia_1404 |
| atpD atpD1 | zobellia_1405 |
| atpB atpB1 | zobellia_1777 |
| atpE1 | zobellia_1778 |
| atpF atpF1 | zobellia_1779 |
| atpH | zobellia_1780 |
| atpA atpA1 | zobellia_1781 |
| atpG1 atpG | zobellia_1782 |
| atpD atpD2 | zobellia_3871 |
| atpC2 | zobellia_3872 |
| atpI | zobellia_3873 |
| atpB atpB2 | zobellia_3875 |
| atpE2 | zobellia_3876 |
| atpF atpF2 | zobellia_3877 |
| atpA atpA2 | zobellia_3878 |
| atpG2 | zobellia_3879 |
Uniprot. Компоненты АТФ-синтазы бактерии Flavobacterium psychrophilum
Мною был произведен поиск компонентов АТФ-синтазы другого вида рода Flavobacteriaceae в Uniprot. Запросы приведены в таблице 3. Была выбрана бактерия Flavobacterium psychrophilum. Результы последнего запроса приведены на рис. 2.
Таблица 3. Компоненты АТФ-синтазы бактерии Flavobacterium psychrophilum в Uniprot
| Геном или таксон | Строка запроса | Число записей | Комментарии |
| таксон Flavobacteriaceae | taxonomy:Flavobacteriaceae | 267623(reviewed 715, unreviewed 266,908) | Все белки организмов рода Flavobacteriaceae |
| таксон Flavobacteriaceae | taxonomy:Flavobacteriaceae AND gene:atp* | 683(reviewed 16, unreviewed 667) | Все белки-компоненты АТФ-синтазы организмов рода Flavobacteriaceae |
| геном Flavobacterium psychrophilum(strain JIP02/86 / ATCC 49511) | gene:atp* AND organism:"Flavobacterium psychrophilum (strain JIP02/86 / ATCC 49511)" | 8 (5 reviewed, 3 unreviewed) | Все компоненты АТФ-синтазы Flavobacterium psychrophilum |
Рис. 2. Компоненты АТФ-синтазы бактерии Flavobacterium psychrophilum в Uniprot
Было найдено 8 компонентов АТФ-синтазы, 5 были проверены экспертом. 7 белков предсказаны исходя из гомологии с белками других организмов(inferred from homology), 1 просто предсказан("predicted"). Последовательности кодируемых белков в формате .fasta можно по этой ссылке. Можно предположить, что этими белками никто не интересовался и их точная функция неизвестна. В таблице 4 приведены имена генов, кодирующих компоненты АТФ-синтазы и их локусы. Группы ко-локализованных генов покрашены в разные цвета.
Таблица 4. Компоненты АТФ-синтазы бактерии Flavobacterium psychrophilum
| Имя гена (PREFERRED) | Локус (OrderedLocusNames) |
| atpD | FP0114 |
| atpC | FP0115 |
| atpG | FP2457 |
| atpA | FP2458 |
| atpH | FP2459 |
| atpF | FP2460 |
| atpE | FP2461 |
| atpB | FP2462 |
Uniprot. Гомологи α-субъединицы АТФ-синтазы бактерии Zobelia galactivorans
Для поиска гомологов использовалась сервис BLAST на Uniprot. Результат можно увидеть на рис. 3. Всего по запросу было выдано 250 лучше всего подходящих белков. Из них я выбрал 10. Их последовательности в формате .fasta можно скачать по этой ссылке. К сожалению, белков с известной кристаллической структурой среди них не нашлось.
Рис. 3. Результаты запроса
Сводная таблицу протеома вашей бактерии Zobelia galactivorans
С использованием "Advanced search" была получена таблица 5. Из неё видно, что протеом моей бактерии не изучен полностью. Она представляет интерес только как бактерия, способная расщеплять порфираны и потому внимательно исследовались только белки, связанные с этой способностью.Таблица 5. Сводная таблица протеома бактерии Zobelia galactivorans.
| Количество белков | |||
| Значение protein evidence | Всего(complete proteome set) | SwissProt | TrEMBL |
| Всего белков | 4,708 | 10 | 4698 |
| Evidence at protein level | 11 | 7 | 4 |
| Evidence at transcript level | 0 | 0 | 0 |
| Inferred from homology | 848 | 3 | 845 |
| predicted | 3,849 | 0 | 3,849 |
| uncertain | 0 | 0 | 0 |
База данных Proteins. Компоненты АТФ-синтазы бактерии Zobelia galactivorans.
Первый запрос - "(Zobellia galactanivorans[Organism]) AND "ATP synthase"[All Fields]" - выдал 51 результат(явно больше ожидаемого). Спасибо за подсказку Ирине Хвень, одни и те же белки были получены в рамках разных проектов(т.е на самом деле результатов меньше). Ссылки на проекты - и
Я выбрал более поздний проект(первая ссылка) и ввел запрос "(Zobellia galactanivorans[Organism]) AND "ATP synthase"[All Fields] AND 70621[BioProject]". По нему было получено 17 результатов( различие обусловлено наличием "hypothetical protein zobellia_1421 [Zobellia galactanivorans]" в выдаче ). Результаты приведены на рис.4. История запросов - таблица 6. Файл в формате .fasta с белковыми последовательностями можно скачать по этой ссылке.
Таблица 6. Запросы в Protein
| Геном или таксон | Строка запроса | Число записей | Комментарии |
| геном Zobellia galactanivorans (strain DSM 12802 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij) | (Zobellia galactanivorans[Organism]) AND "ATP synthase" | 51 | Белки из двух проектов |
| геном Zobellia galactanivorans (strain DSM 12802 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij) | Zobellia galactanivorans( поиск в BioProgect ) | 2 | Поиск проектов в BioProgect, относящихся к Zobellia galactanivorans |
| геном Zobellia galactanivorans (strain DSM 12802 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij) | (Zobellia galactanivorans[Organism]) AND "ATP synthase" AND 70621[BioProject] | 17 | Белки из одного проекта |
Рис. 4. Результаты запроса в Protein
Интересна функция в Advansed Search -> Show index list. Насколько я понял, она показывает похожие на ваш запросы и количество таких запросов. Интересна также возможность сохранения запросов и использования их в дальнейшем.
