Задание №1. Построение A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA

Построение A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA производилось при помощи программы fiber из пакета 3DNA. Для построения использовался участок gatc повтроренный 5 раз (в случае Z-формы использовалась последовательность gc с 10-и кратным повтором).

Результат представлен в формате pdb.
A-форма пятикратного повтора gatc в формате pdb
B-форма пятикратного повтора gatc в формате pdb
Z-форма пятикратного повтора gatc в формате pdb

Задание №2.Средства JMol для работы со структурами нуклеиновых кислот.

Выделение разных атомов и химических группировок,при использовании предопределеннх множеств JMol.

Для работы была выбрана A-форма из задания №1. Написан скрипт Скрипт для получения Рис. 1, Рис. 2, Рис. 3.

jmol_script.txt

Рис. 1 A-форма цепи днк состоящей из 2 цепей, прямая цепь представляет 5 кратый повтор последовательности gatc.
Вид сверху на ДНК: сахарофосфатный остов ДНК показан красным цветом, все азотистые основания показаны синим цветом, но все аденины зеленым. Атом N7 во всех гуанинах показан фиолетовой относительно крупной сферой, а в первом по последовательности гуанине - относительно крупной оранжевой сферой.

Рис. 2 A-форма цепи днк состоящей из 2 цепей, прямая цепь представляет 5 кратый повтор последовательности gatc.
Вид под углом на ДНК: сахарофосфатный остов ДНК показан красным цветом, все азотистые основания показаны синим цветом, но все аденины зеленым. Атом N7 во всех гуанинах показан фиолетовой относительно крупной сферой, а в первом по последовательности гуанине - относительно крупной оранжевой сферой.

Рис. 3 A-форма цепи днк состоящей из 2 цепей, прямая цепь представляет 5 кратый повтор последовательности gatc.
Вид сбоку на ДНК: сахарофосфатный остов ДНК показан красным цветом, все азотистые основания показаны синим цветом, но все аденины зеленым. Атом N7 во всех гуанинах показан фиолетовой относительно крупной сферой, а в первом по последовательности гуанине - относительно крупной оранжевой сферой.

Получение pdb файлов структур комплексов тРНК и ДНК.

При помощи сервиса получены файлы с pdb идентификаторами 1D5Y и 1EHZ.

Файл 1D5Y содержит Rob фактор транскрипции Escherichia coli в комплексе с ДНК. Этот белок принадлежит к семейству AraC/XylS белков, представители которого участвуют в регуляции транскрипции генов устойчивости к антибиотикам, органическим растворителям и тяжелым металам.

Файл 1EHZ содержит кристаллическую структуру дрожжевой тРНК фенилаланина с разрешением 1.93 , Å

Проверка заданных структур ДНК и РНК на наличие разрывов.

Получены изображения средствами Jmol только ДНК или РНК, для анализа на наличие разрывов.

Для получения изображения только ДНК (Рис. 4) и pdb файла с координатами атомов только ДНК из pdb файла 1D5Y, был написан скрипт.

DNA_script.txt

Рис. 4 ДНК цепи из pdb 1D5Y, комбинированное представление cartoon и wireframe. Как видно по рисунку, данные ДНК цепи не содержат разрывов в своей структуре.

Для получения изображения только РНК (Рис. 5) и pdb файла с координатами атомов только РНК из pdb файла 1EHZ, а так же был написан скрипт.

RNA_script.txt

Рис. 5 РНК цепь из pdb 1EHZ, комбинированное представление cartoon и wireframe, покраска выполнена по цветовой схеме cpk. Как видно по рисунку, даная РНК цепь не содержит разрывов в своей структуре.

Задание №3. Сравнение структур 3-х форм ДНК с помощью средств JMol.

Нахождение большой и малой бороздки в ДНК.

В программе Jmol был осуществлен визулальный поиск большой и малой бороздки в B-форме ДНК из Задания №1. Для этого был написан скрипт, результат работы которого представлен на Рис. 6.

DNA_script_groove.txt

Рис. 6 B-форма ДНК из Задания №1, комбинированное представление cartoon и wireframe, покраска выполнена по цветовой схеме cpk. Подписями отмечено положение большой бороздки и малой бороздки.

Для подробной иллюстрации положения атовов относительно бороздок, рассмотрено азотистое основание аденин, находящееся в 10-м по счету нуклеотиде цепи А B-формы ДНК из задания №1. В программе ChemSketch составлена структурная формула аденина с пояснениями по поводу бороздок. Результат представлен на Рис. 7.

Рис. 7 Структурная формула азотистого основания аденина, с пояснениями по поводу расположения атомов относительно большой и малой бороздки. На рисунке рассмотрен вариант для B-формы ДНК, для A-формы ДНК расположение атомов в стороны большой и малой бороздки инвертируется, а в Z-форме ДНК аденин отсутствует.

Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК.

Для сравнения основных спиральных параметров разных форм ДНК эти формы были рассмотрены в Jmol'е и для визуализации был написан скрипт, результаты работы корогого представлены на Рис. 8-10. Итог сравления представлен в Табице 1.

DNA_script_helix.txt

Рис. 8 B-форма ДНК с пояснениями по поводу расположения большой и малой бороздки, их длины, а так же длины витка.

Рис. 9 A-форма ДНК с пояснениями по поводу расположения большой и малой бороздки, их длины, а так же длины витка.

Рис. 10 Z-форма ДНК с пояснениями по поводу расположения большой и малой бороздки, их длины, а так же длины витка.

Основные спиральные характеристики форм ДНК	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали, Å	28,0	33,8	43,5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки, Å	17,0 ([A]34:B.P) - ([A]10:A.P)	17,2 ([G]37:B.P) - ([G]1:A.P)	7,2 ([G]31:B.P) - ([G]13:A.P)
Ширина малой бороздки, Å	8,0 ([G]25:B.P) - ([A]10:A.P)	11,7 ([A]34:B.P) - ([T]11:A.P)	15,2 ([C]24:B.P) - ([G]17:A.P)

Таблица 1. Результаты измерения и сравнения основных спиральных параметров A-,B- и Z- форм ДНК.

Сравнение торсионных углов в структурах А- и В-форм.

Вначале был подробно рассмотрен слайд учебной презентации, посвещенный торсионным углам. (Рис. 11)

Рис. 11 Расположения и значения торсионных углов на примере аденина в составе A- и B- формы ДНК.

Для сравнения торсионных углов в аденине в разных формах ДНК (A- и B- форма) был написан скрипт, результаты работы корогого представлены на Рис. 12-13. Итог сравления представлен в Табице 2.

angles.txt

Рис. 12 Структурная формула азотистого основания аденина в A-форме ДНК, с пояснениями по поводу расположения и значения торсионных углов.

Рис. 13 Структурная формула азотистого основания аденина в B-форме ДНК, с пояснениями по поводу расположения и значения торсионных углов.

угол	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
A-форма (презентация)	62	173	52	88 или 3	178	-50	-160
A-форма (Jmol)	64.1	174.8	41.7	79.1	-147.8	-75.1	-157,2
B-форма (презентация)	63	171	54	123 или 131	155	-90	-117
B-форма (Jmol)	85.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98.0

Таблица 2. Сравдение значения торсионных углов в аденине для A- и B- формы ДНК, полученных путем измерения структуры pdb из Задания №1 в Jmol'е и табличных данных.

Задание №4. Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

Определение торсионных углов нуклеотидов.

Вначале определим торсионные углы для ДНК из A-,B- и Z- формы. Для этоко был написан следующий скрипт, использующий программы пакета 3DNA и стандартные программы Linux, для получения информации о торсионных углах в pdb структурах A-, B- и Z- форм из Задания №1.

Получение информации от орсионных углах.

for file in gatc-?.pdb;do sed /^REMARK/d $file > clean_${file};remediator --old clean_${file} >clean_old_${file}; find_pair -t -s clean_old_${file} stdout |analyze;rm clean_*${file};done

В результате работы этого скрипта получены файлы, содержащие информацию о торсионных углах в pdb структурах A-,B- и Z- форм ДНК: clean_old_gatc-a.outs, clean_old_gatc-b.outs, clean_old_gatc-z.outs

Далее они были обработаны в программе LibreOffice Calc в результате чего был получен файлс информацией о средних значениях всех торсионных углов для каждого нуклеотида в каждой форме ДНК.

Итог анализа данных для торсионных углов A-,B- и Z-форм ДНК представлен в Таблице 3.

form	base	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
A	G	-51.70	174.80	41.70	79.09	-147.79	-75.10	-157.20
B	G	-29.90	136.34	31.14	143.34	-140.80	-160.50	-98.00
Z	G	51.93	179.00	-173.80	94.90	-103.60	-64.80	58.70
delta AB	G	21.80	38.46	10.56	64.25	6.99	85.40	59.20
delta AZ	G	103.63	4.20	215.50	15.81	44.19	10.30	215.90
delta BZ	G	81.83	42.66	204.94	48.44	37.20	95.70	156.70
A	A	-51.70	174.80	41.70	79.08	-147.80	-75.10	-157.20
B	A	-29.90	136.34	31.14	143.34	-140.80	-160.50	-98.00
Z	A	none	none	none	none	none	none	none
delta AB	A	21.80	38.46	10.56	64.26	7.00	85.40	59.20
delta AZ	A	none	none	none	none	none	none	none
delta BZ	A	none	none	none	none	none	none	none
A	T	-51.70	174.80	41.70	79.10	-147.80	-75.10	-157.20
B	T	-29.90	136.34	31.14	143.34	-140.80	-160.50	-97.98
Z	T	none	none	none	none	none	none	none
delta AB	T	21.80	38.46	10.56	64.24	7.00	85.40	59.22
delta AZ	T	none	none	none	none	none	none	none
delta BZ	T	none	none	none	none	none	none	none
A	C	-51.70	174.80	41.70	79.09	-147.79	-75.09	-157.20
B	C	-29.90	136.34	31.14	143.34	-140.80	-160.50	-97.98
Z	C	-139.50	-136.77	50.87	137.60	-96.50	81.97	-154.30
delta AB	C	21.80	38.46	10.56	64.25	6.99	85.41	59.23
delta AZ	C	87.80	311.57	9.17	58.51	51.29	157.05	2.90
delta BZ	C	109.60	273.10	-19.73	5.74	-44.30	-242.47	56.33

Таблица 3. Сравнение торсионных углов в различных нуклеотидах в A-,B- и Z-формах. Запись delta обозначает приращение градусной меры торсионного угла в одной форме относительно другой.

Как видно из Таблицы 3 между формами A и B имеется довольно сильное различие только в торсионных углах δ, ξ и χ. Однако Z-форма ДНК отличается от форм A и B почти по всем торсионным углам для нуклеотидов с гуанином и цитозином.

Определение значения торсионных углов в заданной структуре тРНК.

Для получения информации о торсионных углах тРНК использовался файл pdb из Задания 2, обработанный следующим скриптом, выходной файл которого был обработан в LibreOffice Calc. Конечный результат обработки представлен в Таблице 4.

Получение информации о торсионных углах.

file=1EHZ_only_RNA.pdb; sed /^REMARK/d $file > clean_${file};remediator --old clean_${file} >clean_old_${file}; find_pair -t -s clean_old_${file} stdout |analyze;rm clean_*${file}

base	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ
G	-26.37	74.65	59.60	91.90	-138.08	-83.55	-122.90
C	-33.14	94.52	64.07	90.11	-144.73	-50.83	-156.96
A	-54.06	73.18	28.98	90.04	-140.73	-78.13	-152.26
U	-37.25	3.15	62.27	90.72	-114.25	-66.45	-149.89

Таблица 4. Сравнение торсионных углов в различных нуклеотидах в тРНК из pdb 1EHZ, полученное взятием среднего арифметического для каждого нуклеотида.

Как видно из Таблицы 4, данная тРНК по торсионным углам в своих нуклеотидах похожа на А-форму ДНК.

Определение значения торсионных углов в заданной структуре ДНК.

Для получения информации о торсионных углах ДНК использовался файл pdb из Задания 2, обработанный следующим скриптом, выходной файл которого был обработан в LibreOffice Calc. Конечный результат обработки представлен в Таблице 5.

Получение информации о торсионных углах.

file=1D5Y_only_DNA.pdb; sed /^REMARK/d $file > clean_${file};remediator --old clean_${file} >clean_old_${file}; find_pair -t -s clean_old_${file} stdout |analyze;rm clean_*${file}

№	base	α	β	γ	δ	ε	ξ	χ	сумма модулей разности торсионных углов и их среднего
1	T, не учит.	---	---	51.80	142.60	162.20	-86.60	-108.60	#VALUE!
2	G	-62.50	-155.90	43.00	143.20	-172.80	-128.60	-106.10	210.18
3	A	-51.00	170.90	47.10	145.10	179.50	-91.70	-107.20	302.33
4	C	-56.70	177.30	47.10	136.10	-147.80	-150.90	-110.30	244.69
5	A	-58.90	156.50	50.20	137.70	-166.00	-100.10	-124.30	316.69
6	G	-56.20	171.60	39.20	135.70	-167.60	-152.10	-109.70	341.41
7	C	-27.80	143.90	46.90	141.70	-161.10	-116.90	-115.50	240.98
8	A	-70.30	176.40	49.90	143.20	-163.60	-117.70	-105.20	352.93
9	C	-65.90	177.30	45.10	133.70	158.00	-91.90	-98.80	401.97
10	T	-50.50	-159.00	41.70	139.10	-178.90	-94.00	-103.60	318.46
11	G	-58.00	-178.90	41.00	140.00	-147.90	-155.60	-103.80	228.02
12	A	-38.80	142.40	38.40	132.30	176.50	-96.00	-115.40	287.26
13	A	-49.30	-163.80	33.00	139.30	171.40	-96.20	-100.30	405.70
14	T	-49.60	-176.40	45.00	135.80	176.10	-109.70	-106.30	315.12
15	G	-53.40	-178.30	44.00	141.40	170.90	-100.40	-111.40	429.08
16	T	-62.20	-157.50	41.00	140.70	-160.90	-133.40	-101.00	313.02
17	C	-42.80	149.50	44.80	134.60	178.50	-96.70	-110.80	380.11
18	A	-62.90	-172.00	46.80	143.30	-143.30	-176.20	-96.00	490.04
19	A	-48.30	131.50	53.10	143.70	175.50	-94.10	-117.50	262.90
20	A	-55.10	-173.00	42.60	141.20	178.20	-104.10	-115.10	395.25
21	G, не учит.	-72.70	-155.20	42.20	147.10	---	---	-93.30	#VALUE!
22	A, не учит.	---	---	68.80	142.80	165.40	-76.10	-135.10	#VALUE!
23	C	-113.60	-128.70	53.40	142.70	-172.10	-162.20	-91.30	424.97
24	T	-23.10	130.40	52.00	140.90	165.60	-101.30	-115.50	402.55
25	T	-68.90	-154.60	52.10	143.00	171.10	-87.20	-107.90	322.79
26	T	-69.30	-159.10	44.90	141.90	-161.30	-137.50	-93.30	331.22
27	G	-44.80	147.70	45.40	139.80	-155.50	-151.50	-109.60	312.02
28	A	-53.70	157.10	47.90	142.60	177.30	-83.30	-121.80	296.47
29	C	-63.50	-168.20	39.00	142.50	-177.00	-142.40	-105.40	378.59
30	A	-46.10	166.30	51.50	143.80	175.60	-90.00	-114.20	299.30
31	T	-65.10	-163.40	39.90	134.30	161.50	-91.90	-98.60	317.69
32	T	-60.20	-152.40	42.30	138.10	-164.50	-113.60	-102.20	285.55
33	C	-45.30	154.30	45.60	137.50	-155.70	-157.70	-102.80	232.18
34	A	-46.20	144.10	53.60	144.10	-172.00	-90.20	-123.00	321.64
35	G	-74.70	-165.90	39.60	146.00	-150.70	-139.70	-88.70	239.62
36	T	-52.80	147.10	48.40	135.90	-165.90	-134.80	-90.30	412.19
37	G	-39.40	157.40	39.50	135.00	-161.20	-153.70	-117.70	347.61
38	C	-9.10	132.20	30.10	136.10	175.80	-124.40	-106.60	371.33
39	T	-34.90	169.10	44.90	140.60	173.20	-83.10	-118.90	454.08
40	G	-78.10	-157.10	41.40	142.40	-172.30	-143.00	-99.60	242.82
41	T	-51.60	158.60	59.20	137.00	176.10	-84.80	-125.50	445.68
42	C, не учит.	-82.50	-161.20	48.90	145.30	---	---	-102.50	#VALUE!
43	T, не учит.	---	---	56.60	139.70	172.80	-88.90	-112.80	#VALUE!
44	G	-50.80	-174.10	38.80	141.20	-158.70	-147.90	-105.80	237.41
45	A	-42.80	155.00	40.60	137.20	177.80	-84.30	-115.30	301.66
46	C	-53.00	-177.40	42.80	131.90	-168.20	-129.70	-115.60	362.43
47	A	-47.00	173.00	42.70	138.00	-167.80	-108.40	-114.10	326.09
48	G	-46.60	164.90	39.00	136.30	-170.30	-139.80	-107.60	332.21
49	C	-40.10	161.90	44.00	137.40	-176.00	-107.30	-116.90	266.04
50	A	-64.60	-167.30	45.70	147.00	-169.90	-125.60	-98.80	463.93
51	C	-49.80	162.40	48.90	135.70	175.30	-104.70	-112.00	379.01
52	T	-60.70	-167.30	48.90	140.50	178.50	-95.10	-94.50	328.93
53	G	-55.70	-179.80	43.00	139.90	-150.10	-149.20	-102.20	228.13
54	A	-45.40	149.50	40.80	134.60	160.60	-86.40	-110.40	276.60
55	A	-69.50	-149.10	44.40	141.60	175.20	-108.30	-102.50	393.59
56	T	-48.90	-179.20	45.10	139.90	-171.90	-116.00	-106.00	321.99
57	G	-54.80	170.00	48.10	138.20	164.30	-93.40	-111.90	516.98
58	T	-72.20	-146.10	41.30	142.30	-161.60	-172.80	-93.50	360.52
59	C	9.70	102.60	30.60	131.20	174.60	-95.90	-96.70	400.56
60	A	-56.70	-173.90	43.30	140.90	-163.70	-174.20	-101.10	499.20
61	A	-36.90	132.10	54.90	143.60	-179.80	-83.40	-132.00	343.34
62	A	-72.80	-164.80	43.50	135.70	166.40	-99.30	-111.20	398.28
63	G, не учит.	-63.30	-157.80	47.90	153.00	---	---	-99.70	#VALUE!
64	A, не учит.	---	---	55.20	141.20	162.30	-74.50	-131.20	#VALUE!
65	C	-96.70	-134.30	48.20	142.90	-160.10	-144.70	-98.10	372.37
66	T	-47.70	143.90	55.40	136.20	167.40	-94.90	-118.10	405.68
67	T	-62.50	-153.70	43.50	139.50	160.70	-87.50	-104.20	296.46
68	T	-70.10	-150.20	48.90	147.40	-165.20	-142.50	-91.10	340.90
69	G	-46.90	146.80	49.20	139.70	-158.20	-146.50	-112.50	313.52
70	A	-50.40	158.50	46.50	145.80	165.20	-73.40	-112.60	289.23
71	C	-78.00	-151.10	43.30	142.80	-175.20	-141.50	-97.70	377.77
72	A	-48.10	162.30	51.00	140.30	-175.70	-90.10	-117.50	331.21
73	T	-67.30	-169.40	37.90	134.90	169.80	-110.90	-96.80	322.16
74	T	-46.90	-175.00	45.80	134.10	-165.30	-108.30	-114.30	317.64
75	C	-45.50	162.10	40.70	139.80	-158.70	-157.10	-103.40	242.94
76	A	-36.10	137.90	49.90	140.70	-167.70	-84.40	-126.50	324.01
77	G	-95.60	-164.20	47.00	149.20	-68.80	162.40	-75.50	502.59
78	T	-92.80	147.90	27.80	133.60	162.50	-99.40	-85.90	446.14
79	G	-40.30	-166.10	37.50	138.40	179.70	-110.10	-102.20	427.88
80	C	-39.20	169.90	36.10	137.10	-158.80	-149.50	-111.10	255.58
81	T	-31.20	132.90	50.90	134.40	-170.00	-95.40	-128.60	424.17
82	G	-75.30	-168.80	41.00	140.50	-177.40	-131.60	-101.70	241.82
83	T	-53.50	163.60	62.00	138.30	-163.00	-104.20	-116.60	411.97
84	C, не учит.	-73.30	177.80	48.00	144.80	---	---	-104.40	#VALUE!
Среднее	G	-58.32	-45.67	42.29	140.43	-93.54	-117.54	-104.13
	A	-52.31	52.25	46.25	140.99	18.62	-102.61	-112.82
	T	-56.45	-48.63	46.31	138.56	1.55	-109.01	-105.12
	C	-51.08	58.36	42.91	137.73	-59.28	-129.59	-105.81

Таблица 5. Анализ торсионных углов в ДНК из pdb 1D5Y. Получены торсионные углы для каждого нуклеотида, взято средние для каждого нуклеотида и торсионного угла, а также введена и посчитана величина суммы модулей разности между средним значением соответствующего торсионного угла и торсионного угла нуклеотида.

Как видно из Таблицы 5, самую большую сумму модулей разности тосиооных углов и их среднего имеет нуклеотид №57. Это говорит о том,что этот гуанин больше чем все другие нуклеотиды отличается по торсионным углам от среднего значения.

Определение структуры водородных связей.

Для выполнения этого задания был зпущен следующий скрипт и проанализирован выходной файл.

Для получения информации о структуре тРНК использовался файл pdb из Задания 2, обработанный следующим скриптом, выходной файл которого был проанализирован.

Получение информации структуре тРНК.

file=1EHZ_only_RNA.pdb; sed /^REMARK/d $file > new_clean_${file};remediator --old clean_${file} >new_clean_old_${file}; find_pair -t new_clean_old_${file} stdout |analyze;rm new_clean_*${file}

Полученные данные о стеблях в тРНК представлены на Рисунке 14.

Рис. 14 Полученная информация о стеблях тРНК при помощи програмного пакета 3DNA, красным цветом выделен акцепторный стебель, зеленым Т-стебель, синим D-стебель и желтым антикодоноый стебель.

На основании данных Рисунка 14, полученно изображение тРНК из pdb 1EHZ, раскрашенное с выделением стеблей. (см. Рисунок 15). Для раскраски был использован скрипт раскрашивающий стебли в различные цвета.

stems.txt

Рис. 15 Cтебли в тРНК pdb 1EHZ, информация о которых получена при помощи програмного пакета 3DNA: красным цветом выделен акцепторный стебель, зеленым Т-стебель, синим D-стебель и желтым антикодоноый стебель. Нуклеотиды не участвующие в образовании стеблей показаны серым.

Неканоничные (или модифицированные) взаимодействия, судя по Рисунку 14, происходят между следующими парами нуклеотидов:

				   4   (0.018) A:...4_:[..G]G-*---U[..U]:..69_:A (0.015)     |
				   7   (0.008) A:...7_:[..U]Ux----A[..A]:..66_:A (0.016)     |
				  13   (0.013) A:..54_:[5MU]u-**-xa[1MA]:..58_:A (0.012)     |
				  15   (0.015) A:..36_:[..A]Ax*---U[..U]:..33_:A (0.014)     |
				  16   (0.008) A:..38_:[..A]A-*---c[OMC]:..32_:A (0.008)     |
				  17   (0.004) A:..39_:[PSU]P-*---A[..A]:..31_:A (0.007)     |
				  22   (0.015) A:..44_:[..A]Ax*---g[M2G]:..26_:A (0.013)     |
				  27   (0.025) A:..14_:[..A]A-**-xU[..U]:...8_:A (0.016)     |

Водородные взаимодействия стабилизирующие структуру, судя по Рисунку 14, происходят между следующими парами нуклеотидов: 54----58 и 55----18, они стабилизируют Т-петлю

Поиск стэкинг-взаимодействия.

Рассматривая стекинг взаимодействия в файле и информацией о вторичной структуре тРНК находим стекинг взаимодействия с наибольшим и наименьшим перекрытием. (см. Рисунок 16)

Рис. 16 Данные программы analyze для выбора анализируемых пар нуклеотидов с наибольшим и наименьшим перекрытием.

Для анализа стекинг взаимодействия отобраны структуры №13 и №14 с наибольшим и наименьшим перекрытием соответственно. Для получения графических изображений этих взаимодействий на Рисунке 17 и Рисунке 18 был написан следующий bash-скрипт берущий данные из выходного файла analyze

bash-скрипт для получения Рисунка 17 и Рисунка 18

ex_str -13 stacking.pdb step13.pdb
ex_str -14 stacking.pdb step14.pdb
stack2img -cdolt step13.pdb step13.ps
stack2img -cdolt step14.pdb step14.ps
convert step13.ps fig_17.png
convert step14.ps fig_18.png

Рис. 17 Графическое изображение нуклеотидов с наибольшим перекрытием: пара U54 и U55 с парой G18 и U58.

Рис. 18 Графическое изображение нуклеотидов с наименьшим перекрытием: пара U33 и A36 с парой G18 и U58.

Так же для более наглядной иллюстрации стекинговых взаимодействий с наибольшим и наименьшим перекрыванием был написан скрипт для Jmol'a, резульатом работы которого является Рисунок 19 и Рисунок 20, показывающие стекинговые взаимодействия в пространстве.

stacking_Jmol.txt

Рис. 19 Графическое изображение в программе Jmol нуклеотидов с наибольшим перекрытием: пара U54 и U55 с парой G18 и U58.

Рис. 20 Графическое изображение в программе Jmol нуклеотидов с наименьшим перекрытием: пара U33 и A36 с парой G18 и U58.

Графическое представление на Рисунке 17,18 совпадает с таким на Рисунке 19,20, на которых подробнее (в пространстве) показаны взаимодействия.