Работа с RasMol и 3DNA

Третий семестр На главную
Работа с RasMol и 3DNA Структура РНК Белок-нуклеиновые контакты

Анализ структур А- и B-формы а так же моего куска ДНК

 A-формаB-формаФайл dna44.pdb
Тип спирали (правая или левая) праваяправаяправая
Шаг спирали (Å) 28,0333,7532,09
Число оснований на виток 121112
Ширина большой бороздки 9,63 (G21B.P-G5A.P)20,58 (A22B.P-A6A.P)15,04 (U6A.P-G2A.P)
Ширина малой бороздки 18,49 (A22B.P-T15A.P)13,20 (C16A.P-A22B.P)17,18 (C13A.P-U6A.P)

Торсионные углы

После применения команды find_pair -t dna44.pdb stdout | analyze получены данные о моем куске ДНК:
Strand I 
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi

   1 G     ---    172.6    63.2    80.3  -155.8   -72.1  -172.2

   2 A    -66.8  -176.6    50.8    82.3  -152.5   -76.7  -160.0

   3 G    -61.6   176.2    47.8    82.4  -160.2   -75.7  -158.7

   4 C    149.0  -163.8  -175.6    85.4  -136.5   -67.3  -172.4

   5 U    -61.3   173.3    47.2    81.0  -166.7   -95.5  -163.2

   6 U    -66.8  -173.2    52.0    80.2  -149.7   -71.9  -166.4

   7 C    -65.5   174.6    49.6    77.9  -149.0   -69.2  -162.5

   8 G    -61.0   164.4    65.4    80.8  -150.7   -72.0   178.8

   9 G    -72.4  -168.4    51.0    81.5  -151.8   -73.2  -173.1

  10 C    -55.5   177.3    50.7    82.0  -151.5   -69.8  -166.5

  11 U    -63.1   175.6    51.5    80.8  -145.4   -69.0  -158.4

  12 C    -90.1   164.3    80.9    71.1    ---     ---   -163.4

После применения команды find_pair -t gatc-a.pdb stdout | analyze получены данные об A-форме дуплекса ДНК:
Strand I 
   base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi

   1 G     ---    174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2

   2 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

   3 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

   4 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

   5 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

   6 A    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2

   7 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

   8 C    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.0  -157.2

   9 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

  10 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

  11 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

  12 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.7   -75.1  -157.2

  13 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

  14 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

  15 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2

  16 C    -51.7   174.8    41.7    79.1    ---     ---   -157.2

После применения команды find_pair -t gatc-b.pdb stdout | analyze получены данные о B-форме дуплекса ДНК:
Strand I 
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi

   1 G     ---    136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0

   2 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0

   3 T    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9

   4 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0

   5 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0

   6 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0

   7 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0

   8 C    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9

   9 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0

  10 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0

  11 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0

  12 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0

  13 G    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0

  14 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0

  15 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0

  16 C    -29.9   136.4    31.1   143.4    ---     ---    -98.0


Судя по торсионным углам моя форма ДНК является А-формой, что и есть на самом деле.

Стопочные модели ДНК

Программой pdb2img -bcu gatc-a.pdb gatc-a.ps получено:

После применения команды rotate_mol -b gatc-a.pdb gatc-a_bpmi.pdb получено:

Программой pdb2img -bcu gatc-b.pdb gatc-b.ps получено:

После применения команды rotate_mol -b gatc-b.pdb gatc-b_bpmi.pdb получено:

Программой pdb2img -bcu dna44.pdb dna44.ps получено:

После применения команды rotate_mol -b dna44.pdb dna44_bpmi.pdb получено:
©Виктор Соколов