Белок-нуклеиновые контакты

Третий семестр На главную
Работа с RasMol и 3DNA Структура РНК Белок-нуклеиновые контакты

Различные контакты между ДНК и белком 1rrj

  Полярные Гидрофобные Всего
Контакты белка с ...      
... остатками 2'-дезоксирибозы 7 14 21
... остатками фосфорной кислоты 51 0 51
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 0 3 3
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 2 0 2

Возможные специфичные полярные контакты белка с ДНК

  • NZ в LYS 532 и O2 в T10
  • NH2 ARG 364 и N3 в A113
  • Маловероятное взаимодействие между N3 из A114 и NZ из LYS 532

Изображение получено скриптом: 
restrict dna and not backbone
select within (3.5,dna and not backbone) and protein
cpk 200
select lys532:A, arg364:a
wireframe on
select tyr426
cpk off
select a113.n3
cpk 200
select t10.o2
cpk 200
select a114.n3
cpk 200 
bond 2793 5433
bond 1413 5412
bond 2793 4899

Функции белка

  1. Распутывание ДНК в течение транскрипции и репликации;
  2. Регуляция количества топологических связей между двум спиралями ДНК;
    Реакция катализируемая топоизомеазами ведет к переходу одного топологического изомера ДНК в другой;
  3. ДНК-связывающий белок;
  4. АТФ-гидролизующий белок.

                                                                                                                                                                                               
                                        *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                   *                              
Q 9 4 7 0 5 _ P H Y   :   G L F L G R G A H P K T G L V K K R I E A E . D I T I N I G K G V P V P E . . . P P P G . H K W C K V V H D D K V A W L A M W K E N I N N G F . K Y V W L   :   2 1 3
Q 2 7 5 2 9 _ C A E   :   G V F R G R G G H P K M G L I K K R I M P E . D V I I N C G K D T E I P K . . . P P P G . H K W K E V R H D N T V T W L C S W T E S V L G Q N . K Y I M L   :   2 1 5
T O P 1 _ D R O M E   :   G L F R G R G E H P K M G M I K R R I Q A S . D V S I N C G K D S K V P S . . . P P P G . S R W K E V R H D N T V T W L A S W I E N V Q G Q V . K Y I M L   :   2 1 5
T O P 1 _ M O U S E   :   G L F R G R G N H P K M G M L K R R I M P E . D I I I N C S K D A K V P S . . . P P P G . H K W K E V R H D N K V T W L V S W T E N I Q G S I . K Y I M L   :   2 1 5
T O P 1 _ X E N L A   :   G L F R G R G D H P K M G K L K K R I M P E . D I I I N C S K D S K I P V . . . A P A G . H K W K E V R H D G K V T W L V S W T E N I Q G S I . K Y I M L   :   2 1 5
O 5 9 8 9 1 _ C R Y   :   G L F K G R G E H P K K G T V K N R L R P E . D I I I N I G K E A P I P V . . . P N I P . G Q W K G I Q H D N T V T W L A H W K E N V N G N A . K Y V F L   :   2 1 8
O 1 3 4 6 3 _ E M E   :   S L F R G R G E H P K T G R V K A R V Q P E . Q I T I N I G K E A R V P P . . . P P E G . H K W K E V K H D Q E G T W L A M W Q E N I N G N Y . K Y V M L   :   2 2 4
O 6 0 0 1 3 _ P N E   :   G L F R G R G D H P K T G K L K T R V V P E . Q V I I N I G K D S V I P S . . . P P P G . H N W K E V R H D N T V T W L A T W N E N V N N N V . K Y V F L   :   2 1 7
T O P 1 _ S C H P O   :   G L F R G R G S H P K T G S L K R R V Y P E . Q I T I N I G E G V P V P E . . . P L P G . H Q W A E V K H D N T V T W L A T W H E N I N N N V . K Y V F L   :   2 1 6
T O P 1 _ Y E A S T   :   D L F R G R G A H P K T G K L K R R V N P E . D I V L N L S K D A P V P P . . . A P E G . H K W G E I R H D N T V Q W L A M W R E N I F N S F . K Y V R L   :   2 1 9
T O P 1 _ C A N A L   :   G L F R G R G A H P K T G K L K R R V V S E . Q V T L N L G K D A K I P E . . . P P A G . H Q W G E I R H D N E V T W L A M W K E N I S D S L . K Y V R F   :   2 1 7
O 2 4 3 0 7 _ P E A   :   G L F R G R G E H P K M G R L K K R I H P S . D I V I N I G S E A Q V P E C . . P I P G . E G W K D I R N D N T V T W L C Y W S D P I N P K L F K Y V F L   :   2 1 3
T O P 1 _ A R A T H   :   G L F R G R G E H P K M G K L K K R I H P C . E I T L N I G K G A P I P E C . . P I A G . E R W K E V K H D N T V T W L A F W A D P I N P K E F K Y V F L   :   2 1 3
T O P 1 _ D A U C A   :   R V V Q R S W R A S K D P Q V K K N V Y S Q I D I T I N I G K D A P I P E P . . P I P G . E R W K E I R H D N T V T W L A F W N D P I N P K E F K Y V F L   :   2 1 6
T O P 1 _ U S T M A   :   G L F L G R G A H P K A G K V K R R I S P G . D I T I N H S G D H P A P Q . . . P P A G M G D W A E V V E K K D V T W L A Y W K E N I N G Q Y . K Y V F L   :   2 2 3
Q 2 6 0 2 4 _ P L A   :   G L F R G R G E H P K Q G L L K K R I F P E . D V V I N I S K D A P V P R L Y D N M C G . H N W G D I Y H D N K V T W L A Y Y K D S I N D Q I . K Y T F L   :   2 2 7
                          g 6 f   g r g   h p K   g   6 K   r 6           6   6 N     k         P         p     g       W     6   h d     v t W L     5       6           K Y     l            

Из этого выравнивания мы можем сделать вывод, что участок GRG.HPK консервативен.

Схема nucplot

С помощью команды nucplot была получена следующая схема взаимодействий ДНК:

Результаты таблицы сходятся с результатами диаграммы.
Однако программа плохо выявляет гидрофобные взаимодействия, если только они не находятся ближе 3.35А.
©Виктор Соколов