Структура РНК

Мой pdb код: 1o0c
В файле прведена структура глутаминиловой тРНК.
Взята из организма бактерии Escherihia Coli.
Идентификаторы цепи: CHAIN A и CHAIN B.
Другие макромолекулы: глутамил-тРНК синтетаза.

Последовательность тРНК:

SEQRES   1 B   75    U   G   G   G   G   U   A   U   C   G   C   C   A          
SEQRES   2 B   75    A   G   C   G   G   U   A   A   G   G   C   A   C          
SEQRES   3 B   75    C   G   G   A   U   U   C   U   G   A   U   U   C          
SEQRES   4 B   75    C   G   G   C   A   U   U   C   C   G   A   G   G          
SEQRES   5 B   75    U   U   C   G   A   A   U   C   C   U   C   G   U          
SEQRES   6 B   75    A   C   C   C   C   A   G   C   C   A

Модифицированные основания:
HET        SO4   1394       5                                                       
HET        SO4   1395       5                                                       
HET        GLU    996      10                                                       
HET        AMP    998      23                                                       
HETNAM     SO4 SULFATE ION                                                      
HETNAM     GLU GLUTAMIC ACID                                                    
HETNAM     AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE

Нумерация 903-976
Вставки (insertion codes) отсутствуют

Программой find_pair -t 1o0c.pdb 1o0c.fp был получен файл с анализом структуры.
В моей РНК 4 спирали, длиной 6, 3, 7 и 5 нуклеотидов.

G GGUAUC GC CAA GCGGUAAGGC ACC GGAUUCUGAUU CCGGCAU UCCGA GGUUC GAAUCCU CGUAC CCCAGC CA

тРНК в остовной модели

restrict rna
wireframe off
backbone 80
select 902-907:B, 966-971:B
color white
select 949-953:B, 961-965:B
color red
select 937-944:B, 926-933:B
color blue
select 910-912:B, 923-925:B
color green
select G903.P
label G903
select A976.P
label A976
color label white

После анализа структуры РНК было обнаружено:

Водородные связи между основаниями, не сводящийся к Уотсон-Криковскому спариванию комплиментарных оснований
Более четырех:
- A937+U936
- G950+G965
- A907+A967
- C912+G924
Внеспиральный стекинг между основаниями
Более двух:
- A913+G923
- G953+U954

Использование программы einverted

Программой einverted мы нашли петли стебля:

1o0c: Score 18: 6/6 (100%) matches, 0 gaps
      26 ggattc 31      
         ||||||
      59 cctaag 54

Использование программы mfold

Программа mfold была использована с параметром P=20.
Данное предсказание оказалось 5-м по счету. На мой взгляд оно наиболее правильное.