Второй семестр

Этот семестр посвящен сравнению биологических текстов на примере аминокислотных последовательностей. Я узнала, как работать с многими полезными программами для построения локальных и глобальных выравниваний (попарных и множественных), которые работают в операционной системе UNIX, редактором выравниваний GeneDoc. Кроме того, я познакомилась со способом найти интересующий меня биологический текст в интернете (поисковая система SRS), банками данных аминокислотных и нуклеотидных последовательностей (такими, как SwissProt, Uniprot). И я узнала о способе найти возможные гомологи любой аминокислотной последовательности — алгоритме BLAST.

В третьем блоке я познакомилась с "золотым стандартом" множественных выравниваний BAliBase и научилась работать с паттернами — искать в базе данных PROSITE последовательности по созданному вручную паттерну или находить ранее созданные паттерны для моего белка. Кроме этого, я научилась извлекать информацию о доменной структуре белка из баз данных Pfam и InterPro. Наконец, я познакомилась с филогенетическими деревьями белков и с программами, которые позволяют строить их, исходя из множественного выравнивания родственных последовательностей.

• Банки данных SwissProt и Uniprot

• Сравнение белковых последовательностей:

  • Матрицы весов аминокислотных замен
  • Глобальное и локальное выравнивания аминокислотных последовательностей
  • Контрольная работа за второй блок
  • Протокол занятия № 9 (работа с множественными выравниваниями)
  • Консервативные аминокислотные остатки в выборке ортологов белка CRP_ECOLI
  • Протокол занятия № 10 (работа с базой данных Prosite)
  • Протокол занятия № 12 (работа с программой PSI-BLAST)
  • Протокол занятия № 13 (филогенетические деревья белков)

• Доменная структура белка CRP_ECOLI:

  • Анализ информации из базы данных Pfam
  • Работа с интегрированной базой данных InterPro