Поиск гомологов Betagamma-crystallin domain from Flavobacterium johnsoniae, белка из этого практикума
Параметры алгоритма:
- Максимальное количество обнаруженных п-тей: 100
- E-threshold: 0.05
- Размер слова: 5
- Матрица: BLOSUM-62
- Цена гэпа: 11 за существование, 1 за пропуск
- Фильтров и масок нет
Множественное выравнивание JalView
Все представленные белки гомологичны, так как совпадают больше, чем на 90% и все различия сконцентрированны во фланкирующих концах.
(Один, как можно видеть по древу, дальше от остальных, выравнивание без него получается ровнее)
Анализ полипротеина вируса
ID: R1AB_BCHK5
Reviewed;
Lenght: 7182 AA
AC: P0C6W4; A3EXC9;
Bat coronavirus HKU5 (BtCoV) (BtCoV/HKU5/2004)
RNA-directed RNA polymerase nsp12, координаты 4468..5401, fasta.
Параметры алгоритма те же:
- Максимальное количество обнаруженных п-тей: 100, найдено 35
- E-threshold: 0.05
- Размер слова: 5
- Матрица: BLOSUM-62
- Цена гэпа: 11 за существование, 1 за пропуск
- Фильтров и масок нет
Множественное выравнивание JalView
Анализ размера вирусной базы. Исследование зависимости E-value от объёма банка
В выравнивании 7 находок, совпадение почти точное.
Поиск среди одних вирусов дал 37 находок (против 35)
E-Value: для P0C6V7.1 в случае вирусной базы данных 5e-28 (вот выдача), в основном - 1e-26 (выдача тут); зависит от размера линейно, то есть разница примерно в 20 раз. Вирусные белки составляют 1/20 базы.