Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2009

Cеместры Студенты Преподаватели
 
 
На главную страницу
 
  2008
  2007
  2006
  2005
2004
2003
2002

Cеместр II. Работа с последовательностями белков

Объекты, с которыми надлежит ознакомится:
банки данных UniProt и Medline (PibMed); парное и множественное выравнивание последовательностей.

Инструменты (компьютерные программы), которые предстоит изучить:
поиск в банках данных (SRS, Entrez-PubMed); работа в командной строке Linux (пакет EMBOSS); автоматическое парное выравнивание последовательностей белков (needle, water); поиск по сходству последовательностей (BLAST); автоматическое множественное выравнивание (Muscle); работа с имеющимся множественным выравниванием (GeneDoc).

Белки, выданные студентам

Блок 1: банки данных.

1.

Интерпертатор командной строки bash
10 и 12 февраля 2010, А.В. Головин, Р.В. Решетников
[задания] 

2.

SRS
17 и 19 февраля 2009, А.В. Головин, Р.В. Решетников

[задания]  [доп. задания]  [указания]   [презентация]

3.

PubMed
24 и 26 февраля, А.В. Головин, Р.В. Решетников

[задания]  [доп. задания] 

Блок 2: выравнивание последовательностей белков

4.

Мутации в кодирующей последовательности и их результат
5 и 10 марта 2010, А.В. Алексеевский, Б.А.Бурков

[задания]  [указания]  [презентация] [ВАЖНО!] [скрипт degap_and_translate.py]

5.

Мутации и отбор. Проверка выравнивания по структурным данным
12 и 17 марта 2010, А.В. Алексеевский, Б.А.Бурков

[задания]  [указания]  [презентация]

6.

Алгоритм выравнивания последовательностей
19 и 24 марта 2010, Б.А.Бурков, А.В. Алексеевский

[задания]  [указания]  [презентация]

7.

BLAST: поиск по сходству
26 и 31 марта 2010, А.В. Алексеевский, Б.А.Бурков

[задания]  [указания] 

8.

Контрольная работа по блоку
2 и 7 апреля 2010, А.В. Алексеевский, Б.А.Бурков

[примерное задание] 

Блок 3: множественное выравнивание

9.

Множественное выравнивание
9 и 14 апреля 2010, С.А.Спирин

[задания]  [указания]  [презентация]

10.

Паттерны и банк Prosite
16 и 21 апреля 2010, С.А.Спирин

[задания]  [указания] 

11.

PSI-BLAST
23 и 28 апреля 2010, С.А.Спирин

[задания]  [указания] 

12.

Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.
30 апреля и 5 мая, А.Б.Рахманинова

[задания]  [презентация]

13.

Поиск мотивов: программа MEME.
12 и 14 мая, С.А.Спирин

[задания]