2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практические занятия к курсу "Молекулярное Моделирование Биополимеров"
Правила сдачи зачёта
Связи с тем, что практикум предполагает использование суперкомпьютера и время доступа ограничено, то ожидается, что к этому моменту студенты будут знакомы с азами. Для достижения этого результата необходим контроль за исполнением заданий. Итак:
- Начиная с 3его занятия штраф за не сделанную вовремя работу 0.666.
- 3 и 4ый практикум можно сдать без штрафа до 10 марта.
- Если сумма баллов за практикумы менее 0.5 от максимальной, то студент получает дополнительный вопрос на зачёте.
- На зачёт предполагается две пары (т.е. два раза по 1.5 часа), очередность сдачи зачёта соответствует сумме балов за практикум (хуже баллы дальше очередь).
Жду рациональных предложений.
Результаты
Оценки вы можете найти по ссылке, которая пришла к Вам на 2009fbb@gmail.com.
Как я понимаю, большинство не поняло, что надо сменить пользователя в gmail для просмотра документа. Так вот, для просмотра смените пользователя gmail на 2009fbb, и не надо слать мне запросы на share.
1. Знакомство с Pymol
8 февраля 2012, А.В.Головин, А. Гришин. [задания] [презентация]
2. Работа Pymol
15 февраля 2012, А.В.Головин, А. Гришин. [задания] [подсказки]
3. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
22 февраля 2012, А.В.Головин, А. Гришин. [задания]
4. Abinitio вычисления для нафталина и азулена
29 февраля 2012, А.В.Головин, А. Гришин. [задания]
5. Вычисление валентных параметров для молекулярной механики
7 марта 2012, А.В.Головин, А. Гришин. [задания]
6. Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики
14 марта 2012, А.В.Головин, А. Гришин. [задания]
7. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
21 марта 2012, А.В.Головин, А. Гришин. [задания]
8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
28 марта 2012, А.В. Головин, А. Гришин [задания]
9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
4 апреля 2012, А.В. Головин, А. Гришин [задания]
10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
11 апреля 2012, А.В. Головин, А. Гришин [задания]
11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
18 апреля 2012, А.В. Головин, А. Гришин [задания]
12. Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка.
25 апреля 2012, А. Гришин, А.В. Головин [задания]
13. Расчёт энергии сольватаци димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP.
2 мая 2012, А. Гришин, А.В. Головин [задания]