Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Указания

Что должно быть в выравнивании

• Последовательности:
  • данного белка
  • гомолога с известной структурой
  • последовательность того же белка, но из Uniprot (нужна для установления соответствия между номерами остатков в PDB и в Uniprot)
  • (не обязательно, но полезно!) еще 2-5 гомологов на ваш выбор из Swissprot или PDB
  • строки разметки с именами Uniprot, 3D_homolog, TMHMM

Пользуйтесь JalView: этот редактор позволяет получить последовательности из разных баз данных, указав идентификатор (File => Fetch sequences..); выровнять их разными программами (Web Service => Alignment); добавить строки для разметки выравнивания (нижняя панель, слева; используйте правую кнопку мыши); связать структуру с последовательностью (курсор - на имя последовательности => правая кнопка мыши) и показать структуру в отдельном окне (курсор - на имя последовательности => правая кнопка мыши), отобразив раскраску последовательности.

Как размечать выравнивание

• В JalView

  • добавьте три новых строки разметки в нижней панели, назовите их как нужно и разметьте (см. инструкцию по JalView)

  • Используйте символ H для спирали, S для тяжей, I для цитоплазматических участков, O - для экстрацеллюлярных

• В GeneDoc

  • Одна разметка - одна новая псевдопоследовательность в выравнивании.
  • Узнайте координаты трансмембранных участков

  • Сгенерируйте псевдопоследовательность с помощью скрипта generate_markup.py.

    • На вход подается файл с описанием участоков:
      • от позиции выравнивания, до позиции выравнивания, символ для разметки.
    • описание скрипта выдается командой python generate_markup.py
    • Используйте символ H для спирали, S для тяжей, I для цитоплазматических участков, O - для экстрацеллюлярных

    • Импортируйте пседопоследовательность в выравнивание с помощью GeneDoc

    • Объедините настоящие последовательности в группу и используйте раскраску из меню groups

Как сравнить с гомологом с известной пространственной структурой

• Скачайте PDB файл (get-pdb на kodomo)
• Получите последовательность из PDB файла (pdb_to_fasta на kodomo)
• Изучите структуру и описание трансмебранных участков в БД PDBTM . Сохраните рисунок для отчёта!
• Постройте выравнивание нужных последовательностей. Найдите позиции выравнивания соответствующие началам и концам трансмембранных участков.
• Разметьте в выравнивании трансмембранные участки в структуре (как - см. выше)

Как проверить правило "positive inside" по структуре

• Скачайте PDB файл из БД OPM и откройте в Rasmol. В этом файле добавлены шарики на границе мембраны, команда select dum их выделяет.

• Поменяйте черный фон на белый или какой-либо светлый (не обязательно )

• Оставьте проволочную модель белка (белков) и шариковую - границ мембран.
• Выделите множества положительно и отрицательно заряженных атомов , не считая азотов и кислородов остова.
• Изобразите их шариками и покрасьте по заряду.
• Сохраните изображение и прокомментируйте его.

Что должно быть в отчете

• Свободные комментариии о просмотренных трансмембранных белках.
• Табл.1.
• Выравнивание - в отдельном файле в msf формате. Ссылка на него в отчёте.
• Комментарии о согласованности разных способов предсказания трансмембранных сегментов.
• Заключение о данном белке: сколько в нем трансмембранных сегментов; о цитоплазматических и экстрацеллюлярных участках и т.п.

Как визуализировать структуры на разных сервисах

• Используйте Jmol. В меню Jmol (правая кнопка мыши на форе рисунка) можно выбрать consol и в ней исполнять команды Rasmol как обычно.

Как найти код TCDB для данного белка

• Используйте BLAST на сайте TCDB и "аннотацию по гомологии"