Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Семестр IV. Эволюция последовательностей

Объекты, с которыми надлежит ознакомиться: филогенетические деревья, онтологии, банки данных Interpro, GO, KEGG.

Инструменты (компьютерные программы), которые предстоит изучить: реконструкция филогении последовательностей; предсказание трансмембранных сегментов; работа с имеющимся множественным выравниванием (GeneDoc), создание паттернов и профилей.

расписание занятий

Докладчики 15 мая

Результаты (Только для студентов и преподавателей!)

Блок 1: филогенетические деревья

1. Что такое филогенетическое дерево (лекция)

7 февраля 2012, С.А.Спирин.

[презентация] [задания]

2. Реконструкция филогенетических деревьев

14 февраля 2012, С.А.Спирин.

[презентация] [задания]

3. Алгоритмы реконструкции деревьев

21 февраля 2012, С.А.Спирин.

[презентация] [задания]

4. Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Анализ деревьев, содержащих паралоги.

28 февраля 2012, С.А.Спирин.

[задания]

Блок 2: функции белков

5. Онтологии

6 марта 2012, С.А.Спирин

[презентация] [задания]

6. Онтологии (продолжение)

13 марта 2012, С.А.Спирин

7. Классификация ферментов EC

20 марта 2012, О.Н.Занегина, С.А.Спирин

[презентация] [задания]

8. Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

27 марта 2012, С.А.Спирин

[презентация] [задания] [BRENDA tutorial]

9. Мембранные белки

3 апреля 2012, С. Виноградова, А.Алексеевский

[КОНТРОЛЬНАЯ] [задания] [указания] [JalView] [презентация]

Блок 3: семейства белков

10. Эволюция доменной архитектуры

10 апреля 2012, А.Алексеевский, Е.Аксянов

[цель] [задание] [указания] [JalView] [скрипты] [презентация]

11. Профили

17 апреля 2012, Е.Аксянов, А.Алексеевский

[КОНТРОЛЬНАЯ] [задание]

12. Профили и паттерны

24 апреля 2012, Е.Аксянов, А.Алексеевский

[задание]

12. Профили и паттерны

24 апреля 2012, Е.Аксянов, А.Алексеевский

13. Профили и паттерны

12 мая 2012, Е.Аксянов, А.Алексеевский

[контрольная/задание]

14. Доклады студентов

15 мая 2012, Е.Аксянов, А.Алексеевский