Скрипт для скачивания

Что делает

Входные данные

Комментарии

Изменения

swisspfam_to_xls.py

Преобразует информацию о доменах в последовательности из файла swisspfam в таблицу для Excel

Pfam AC или список Pfam AC в файле

Адрес swisspfam на kodomo указан по умолчанию. Сохраняются данные о последовательностях, содержащих хоть один из указанных доменов

Исправлен. Приношу извинения за ошибку. Не оправдание, но объяснение: за год поменялся формат файла swisspfam; поле pfam_ac переставлено на место pfam_id, а pfam_id исключен

uniprot_to_taxonomy.py

Преобразует информацию о таксономии из записей Uniprot в таблицу Excel

Файл с последовательностями в формате Uniprot

filter_alignment.py

Оставляет только те последовательности из входного файла, ID которых входит в список, поданный на вход

Файл в формете fasta (можно и в другом, если установлен EMBOSS); список имен последовательностей

На своем компьютере используйте fasta формат для входного и выходного файлов! (Для иных опций нужен доступ ко всем командам EMBOSS)

Проверил еще раз: работает